В 1909 году в «Таймс» появилась привлекшая внимание публикация, в которой говорилось, что гибель минойской культуры связана с гибелью Атлантиды, вызванной страшным стихийным бедствием, случившимся около 1450 года до новой эры. В конце тридцатых годов XX века греческий археолог Спиридон Маринатос заметил сходство минойской цивилизации с культурой Атлантиды Платона. В действительности дворец царя Миноса в Кноссе мало похож на царский дворец в Атлантиде. Можно согласиться лишь с тем, что символ быка широко использовался в минойском искусстве, а также, конечно, и с тем, что минойцы ходили в баню. А вот слонов на Крите доподлинно не было. В шестидесятых годах XX века Маринатос, производя раскопки на острове Санторин (Фера) возле селения Акротири, отрыл погибший в результате чудовищной катастрофы засыпанный вулканическим пеплом город, чья культура была родственна минойской цивилизации.
Крит находится всего лишь в 100 км от Санторина. Извержение вулкана на Санторине, вероятно, превышало своей мощностью извержение Кракатау 1883 года, когда грохот взрыва был слышан за 3000 км, а вызванные землетрясением цунами унесли жизни 35 000 человек. Кратер Санторина в четыре раза шире и значительно глубже кратера Кракатау, и можно предположить, что землетрясение, воздушные ударные волны, пожар, цунами и вулканический пепел подорвали экономику Крита и привели к гибели царство Миноса, а сведения об этом ужасном бедствии дошли до Египта и там были записаны. По гипотезе Маринатоса, чудовищное извержение вулкана на Санторине привело не только к гибели минойской цивилизации, но и послужило толчком для возникновения мифа об Атлантиде. Завоевание Крита греками, имевшее место около 1400 годадо новой эры, возможно, дало повод к суждению, что афиняне победили атлантов.
Однако между гибелью Атлантиды и крахом на Крите минойской цивилизации, вызванным чудовищным извержением вулкана на Санторине, существует определенная нестыковка. По Платону, Атлантида погибла не в результате взрыва вулкана, а в результате «невиданных землетрясений и наводнений», которые привели к тому, что Атлантида «исчезла, погрузившись в пучину». Если сведения о постигшей Крит катастрофе, вызванной извержением вулкана на Санторине, дошли до Платона, и если сведения эти послужили сюжетом для мифа об Атлантиде, то представляется весьма странным, что философ, повествуя о гибели этого государства, не сказал ни единого слова о первопричине «невиданных землетрясений и наводнений». К этому можно добавить, что Геродот, посетивший Саис в Египте между визитом туда Солона и временем создания Платоном «Тимея» и «Крития», в своем труде ни еловой не обмолвился ни о катастрофе, постигшей Крит, ни о гибели Атлантиды. Не упоминают об этих событиях и другие авторы, жившие раньше Платона. О Санторине, а точнее о его мифическом зарождении, рассказывает живший позже Платона Аполлоний Родосский, глава библиотеки в Александрии (аргонавт Эвфем бросил в море ком земли, подаренной Тритоном, и из этого кома возник остров Каллисто/ Фера/Санторин), но и Аполлоний ни слова не говорит о гибели Санторина.
Извержение вулкана на Санторине оказало пагубное влияние на всю восточную часть Средиземного моря, ударные волны затронули огромную территорию от Турции до Коса, Родоса, Крита и Египта. В результате этих ударов пострадали жилые здания и хозяйственные постройки; на Крите выпал вулканический пепел слоем от одного до пяти сантиметров, а высота волн, обрушившихся на северный берег острова была не менее восьми метров, так что пепел, вероятно, погубил весь урожай и превратил плодородную землю в пустыню, а цунами уничтожили критский флот.
Связь гибели Атлантиды с гибелью минойской цивилизации поколебали в восьмидесятых годах XX века данные радиоуглеродного анализа обнаруженных артефактов (путем измерения содержания в материале радиоактивного изотопа). Эти исследования показали, что извержение вулкана на Санторине могло произойти в 1628–1606 годах до новой эры, то есть намного раньше гибели минойской цивилизации. Эти исследования подтверждаются данными дендрохронологии, которые показали, что сильное извержение вулкана может создать на земной поверхности «морозобойный эффект», который приводит к аномально узким годовым кольцам деревьев. Такие аномально узкие кольца появились на американских бристольских соснах в 1628–1626 годах до новой эры, на ирландских болотных дубах в 1628 году, а также на деревьях, произраставших в то время в Англии и Германии. На эту аномалию могло повлиять извержение вулкана на Санторине. А вот на деревьях, произраставших в то время на территории Малой Азии, в 1628 году появились аномально широкие кольца, из чего следует, что год тот выдался менее жарким и более сырым, чем обычно. На эту аномалию также могло повлиять извержение вулкана на Санторине.