В 1932 году снесли колокольню, а церковь оставили, несмотря на соседство Дома на набережной. В 1958 году в стенах храма разместился НИИ музееведения.
В 90-е годы началось возрождение храма, а 1992 году в храме были возобновлены богослужения. Сейчас при нем открыты воскресная школа и библиотека.
Главные святыни храма – икона преподобного Сергия Радонежского с частицей мощей и икона великомученицы Варвары с частицей мощей.
Святая великомученица Варвара была дочерью знатного язычника Диоскора, жила с отцом в городе Илиополе Финикийском, в царствование Максимиана Галерия (305–311 годы). Она рано лишилась матери. Овдовев, Диоскор сосредоточил все свое внимание на воспитании единственной дочери. Варвара радовала его способностями и красотой. Он поселил дочь в башне, скрывая ее от посторонних глаз. К ней имели доступ только языческие учителя и служанки.
Многие знатные и богатые юноши добивались ее руки. Диоскор предложил дочери выбрать себе жениха, но Варвара решительно отказалась. Диоскор огорчился настойчивостью дочери и уехал из Илиополя, рассчитывая, что в его отсутствие Варвара будет скучать и переменит свое решение. Он предоставил ей полную свободу, надеясь, что беседы с разными людьми и новые знакомые повлияют на дочь и она согласится вступить в брак.
Вскоре вернулся Диоскор и, узнав что его дочь – христианка, пришел в ярость. Он выхватил меч и хотел ударить им Варвару, но она бросилась бежать. Когда Диоскор стал догонять ее, дорогу Варваре преградила гора. Святая обратилась к Богу за помощью. Гора расступилась, и она вошла в расселину, по которой вышла на вершину горы. Там девушка укрылась в пещере.
Диоскор нашел дочь с помощью пастуха, жестоко избил ее, а затем закрыл в маленькой темной комнате и стал морить голодом и жаждой, чтобы заставить отречься от христианской веры. Не добившись этого, он предал свою дочь в руки правителя Мартиана, гонителя христиан.
Мартиан долго старался уговорить святую Варвару поклониться идолам. Он обещал ей всякие земные блага, а затем, видя ее непреклонность, отдал на истязания: святую Варвару били воловьими жилами до тех пор, пока земля вокруг не обагрилась кровью. После избиения раны натерли власяницей. Едва живую Варвару бросили в темницу.
На следующий день великомученица Варвара вновь предстала перед судилищем Мартиана. Видя ее исцеленной от ран, правитель не образумился и вновь предложил ей принести жертву идолам, убеждая, что это они исцелили ее.