«Цель просвещения духовенства есть без сомнения твердое и основательное изучение Религиии. К познанию Религии, основанной в догматах ее на Священном Писании и преданиях древних, нужно знать самые сии древние источники и части наук, непосредственно к ним принадлежащие. Части сии суть: изучение древних языков, и наипаче греческого и латинского, основательное познание языка славянского и славяно-российского, познание древней истории и особливо священной и церковной, познание лучших образцов духовной словесности, и, наконец, учение богословское во всех его отделениях. Из сего открывается, что главной целью духовного просвещения должна быть ученость
(eruditio), собственно так называемая. Cиe есть первое начало, на коем должны быть основаны Духовные училища…»Высшие ступени старой школы превращались в отдельную среднюю школу, под именем семинарий. Курс семинарский распадался на три двухгодичных класса или «отделения», — низшее словесное, среднее философское, высшее богословское Программа восполнялась введением наук исторических и математических…
Академия надстраивалась над всей старой системой совсем заново. По новому плану Академия есть очень сложное учреждение. Во-первых, — высшая школа. Во-вторых, — ученая корпорация или коллегия, — для этой задачи организовывалась особая «Конференция» с участием внешних членов, из числа любителей и покровителей просвещения. В-третьих, — административный центр, и для целого учебного округа (Правление, внутреннее и внешнее)…
Высшая школа теперь впервые выделяется в самостоятельную учебную единицу. «По разделению сему Духовные академии, не препинаясь в поприще, им предназначенном, первоначальным и так сказать стихийным обучением наук грамматических и исторических, займут в науках философских и богословских пространство, им приличное, и станут на чреде просвещения, высшему духовному образованию свойственной».
В составленном затем уставе в связи с этим было увеличено число преподавателей: по штату положено было 6 профессоров и к ним 12 бакалавров…
Комитет разработал только план преобразования, установил для него принципы и задания. Вновь учрежденная Комиссия, прежде всего, и должна была разработать Устав. В работах комиссии духовных училищ действительное участие Сперанский принимал недолго; за это время он успел обработать только часть Академического устава, раздел о ее учебной организации и управлении. Очень скоро он отстранился от работы в Комиссии. Академический Устав был докончен и разработан Феофилактом, человеком умным и влиятельным (и «не по сану отважным», как отозвался о нем Платон), — он внес в работу Комиссии свою жизненную опытность, но вместе и не очень строгий, скорее светский дух. Отчасти он напоминает Евгения, только его увлекала не история, а красноречие и эстетика, в духе того же предыдущего века…
Устав Академий был принят, как пробный, и с 1809-го года введен для испытания в Санкт-Петербургской Академии. Одна только Академия и была открыта в первую очередь. Еще Сперанский заметил: «сколь тщательно собираемы и соображаемы были все предметы к делу сему принадлежащие, но один опыт может положить на них печать достоверности». На основании опыта первого курса Санкт-Петербургской Академии (1809–1814) и замечаний ее тогдашнего ректора Филарета пробный Устав был еще раз исправлен, в 1814-м году утвержден и распубликован, и тогда же введен для второй, в этом году открытой Академии, Московской, помещенной теперь в Лавре. Киевская Академия была открыта еще позже, только в 1819-м году. Открытие Казанской Академии задержалось еще больше, она была открыта уже только в 1842-м году. Главная причина такого постепенного устроения Академических центров была в недостатке учителей и профессоров. Предупреждение Платона сбывалось, — людей не хватало. Учившие в дореформенной школе в редких случаях могли быть употреблены для новых: учить приходилось тому, чему сами не учились, — в Киеве и в Казани подходящих лиц вообще не нашли…