О преподавании богословских наук даны были только самые общие указания, — надлежит так преподавать, «чтобы сие учение священник без большой работы мог приспособить и употребить, когда получит случай беседовать с простолюдином, рожденным в магометанстве или язычестве, или совращенным от христианства». Не следует разрешать вопросов и сомнений, «которых неиспорченный ум и не подозревает». В основу преподавания предписывалось положить «Православное Исповедание» Петра Могилы, и «с ним поверять подробности богословского учения». В новом русском переводе «Православное Исповедание» и было издано от Синода в том же 1838-м году. Кроме того, введен был в семинарскую программу новый учебный предмет: «Историческое учение о святых отцах», — программу по этому предмету предстояло еще разработать и составить по нему классическую книгу… Пратасов был озабочен в это время всего больше изданием руководственных книг по всем областям церковной жизни, на который легко было бы безоговорочно ссылаться, как на учение и установление самой Церкви. Кроме «Исповедания» Петра Могилы в том же 1838-м году были изданы «Царская и патриаршия грамоты о учреждении Святейшего Синода, с изложением Православного Исповедания Восточно-Кафолической Церкви», — перевод и редакция взяты были на себя Филаретом Московским, который и внес в текст немаловажные поправки, в устранение вкравшихся латинизмов (опущен запрет мирянам читать Священное Писание, опущен термин «пресуществление»). Впоследствии от Духовно-Учебного управления было предписано выдавать экземпляр этих «грамот» каждому ученику семинарии при переходе в высшее отделение, «с тем, чтобы, по окончании курса и по выходе из семинарии, они удержали книгу сию у себя для всегдашнего употребления». В связи с изданием этих «символических книг» встал вновь вопрос о Катихизисе. Пратасов, поддерживаемый Сербиновичем, директором своей канцелярии (окончил Полоцкую академию в 1817 г.), настоял на введении новых вопросоответов: о Предании, о предопределении, — напротив, о естественном Богопознании из видимой природы было опущено. Внести в катихизис изложение т. наз. «заповедей церковных» Филарет отказался, находя их излишними наряду с заповедями Божиими, — вместо того были введены заповеди блаженства (как были они и в «Православном Исповедании»). Существенных перемен в «Катихизисе» сделано не было, — кажется, в это время обошлось и без споров. Филарет сам был скорее доволен новой редакцией своего «Катихизиса». После исправлений и со сделанными дополнениями это был уже не только «катихизис», но и богословская «система» в сокращении. «Поелику нет книги, одобренной для богословия, и богословы наши не всегда право правят слово истины, то побужден я был дополнить катихизис». Не были удовлетворены скорее Пратасов и Сербинович, — во всяком случае, в ближайшие годы еще не раз подымается вопрос о составлении нового катихизиса, и новым лицом. В 50-х годах называли имя Макария…
В 1839-м году была издана «Книга Правил», взамен Кормчей, — включены в нее были только церковные законы, гражданские постановления опущены. Пратасов нашел несвоевременным издавать «полное собрание» церковных законов, как то было сделано в отношении законов государственных при Сперанском, — в виду, как сам он то мотивировал, «неблаговидности» слишком многих постановлений Петровского времени и всего предыдущего века, огласка которых теперь вряд ли вполне удобна и скорее может соблазнить. Уже приготовленное проф. А. Куницыным «Полное собрание духовных узаконений в России со времени учреждения Святейшего Синода» было поэтому оставлено в рукописи без движения, как не оказался пригодным и обширный канонический свод Августина Сахарова, епископа Оренбургского. Даже и «Духовный Регламент» не был переиздан в это время всяческих переизданий и кодификаций. Был заново составлен «Устав духовных консисторий», и введен во временное употребление все в том же 1838-м году, а в окончательном тексте утвержден и распубликован уже в 1841-м…
В замыслах Пратасова два задания тесно сочетались: польза и порядок, дисциплина, — профессиональная годность и строгая определенность всего порядка писанными правилами или законом. Монашества Пратасов не любил, что, впрочем, и логично с государственной точки зрения, — он предпочитал бы воспитывать «духовное юношество» в более практическом и светском направлении. Мундир ему нравился больше рясы, во всяком случае. Об этом очень интересно рассказывает в своих воспоминаниях Ростиславов (срв. в особенности главу: «О преобразовании Петербургской Духовной Академии преимущественно по образцам, заимствованным из батальона военных кантонистов»)…