В Академии это было началом новой эры. Филарет был сразу и библеистом и патрологом (много останавливался в своих лекциях на разборе мессианских текстов, с еврейского). К сожалению, преподавать Филарету удалось недолго, в молодые еще годы он был отозван для епископского служения, но и позже он продолжал писать и издавать очень много. По инициативе именно Филарета Гумилевского было предпринято при Московской академии издание творений святых отцов в русском переводе; на этом сосредоточено было преимущественное внимание всей академической корпорации, и сам печатный орган академии был назван только «прибавлениями к изданию
…»На первое место были поставлены именно великие отцы IV-го века, Афанасий и каппадокийцы, еще Ефрем Сирин. Филарет составил и учебник по патристике, издан он был только позже: Историческое учение об отцах Церкви, (1859). Для самого Филарета отеческие творения были всегда живым свидетельством Церкви, но он предостерегал от необдуманного отожествления «исторического учения об отцах» с учением о предании
. Тогда пришлось бы либо все отеческие мнения принимать в достоинстве общецерковного учения, что невозможно в виду разногласий, либо искажать реальный облик отцов, отбрасывая все то в их жизни и учении, где они являлись «обыкновенными» людьми. Это последнее практически приводило бы к полному произволу. «Отцы Церкви держались предания, где было нужно, точно так же как благоговейно описывали деяния Церкви и частных лиц. Но они же размышляли о слове Божием, о предметах веры, о правилах жизни, они спорили и ораторствовали, философствовали, и были филологами, и при том даже ошибались…»Такое понимание задач патрологии не соответствовало тем целям, ради которых Пратасов вводил в семинариях и академиях «историко-богословское
учение об отцах Церкви». Филарет не случайно опускает «богословское» в заголовке своей книги, — «историческое» должно быть дано в нетронутой полноте, а там можно будет сделать богословский вывод, и из учения отцов извлечь предание, в нем свидетельствованное…Потому его книгу и остановили в Синоде. К тому же Филарет слишком резко отозвался о Петре Могиле и его «Исповедании…»
Расчет графа Пратасова повернуть или изменить направление русского богословского развития и работы не оправдался. Русская богословская традиция к этому времени была уже настолько жива и сильна, что надуманный и партийный план обер-прокурора разбился об это внутреннее сопротивление. С совершенной очевидностью это открывается при сличении программ и исполнения. Макариевская догматика была, до известной степени, именно программой, официальной или официозной. Но встречена она была весьма недружелюбно, — даже тогда, когда ее брали в руководство, ради собранного в ней богатого сырого материала
, редко кто принимал с тем вместе и собственный метод автора. «Макариевский метод» восторжествовал только много позже, уже в 80-х годах, при Победоносцеве, когда был открыто провозглашен принцип инерции в исторической жизни, «который близорукие мыслители новой школы безразлично смешивают с невежеством и глупостью». Впрочем, и тогда это «торжество» оставалось только видимым…Пратасов мог добиться удаления Филарета Московского из Саект-Петербурга и его фактического отстранения от Синодских дел. Но как характерно, что тем не менее он был принужден по всем существенным и важным вопросам спрашивать отзыв и мнение Филарета, и посылать ему на просмотр большинство своих проектов и предположений. И Филарет сохранил достаточно влияния, чтобы своим несогласием останавливать слишком ретивые начинания обер-прокурора. В Санкт-Петербургской академии Пратасову удалось завести свои порядки, водворить новый дух. В Московской оставалось все без перемен, без тех перемен на новое, которыми так увлекался Пратасов. Продолжалось преподавание философии в прежнем направлении, изучение Писания и еврейского языка. И в то время, когда по всей России производился розыск о незаконном налитографировании перевода Павского, Филарет дал Московской академической конференции официальное предложение: вменить всем преподавателям в обязанность представлять хотя бы часть их уроков в обработанном виде и литографировать, или печатать, эти записки для внутреннего употребления, с одобрения конференции и с ведома епархиального архиерея. Предложение это не имело практических последствий. Но так показательно, что в то самое время, когда вновь открытое Духовно-учебное управление стремилось остановить самостоятельную работу преподавателей, вручив им в руководство обязательную «классическую» книгу, Филарет продолжал стоять на прежней позииии Александровских уставов, что нужно более пробуждать мысль и самодеятельность учащихся, чем связывать их готовыми определениями и фразами…