В очень двусмысленной обстановке совершилось и вступление Могилы на Киевскую митрополию. В апреле 1632 г. умер Сигизмунд III. Православным удалось воспользоваться королевской элекцией для того, чтобы провести на сейме «Пункты успокоения религии греческой», и получить на них согласие нового короля Владислава. Это было очень чувствительное приобретение, как бы ни были впоследствии практически урезаны эти «пункты» 1632 года. В частности, было разрешено заместить епископские кафедры, в том числе Киевскую. Здесь была явная двусмысленность. Ибо в действительности все кафедры были заняты, епископами Феофановского посвящения. Польский закон их не знал и не признавал. Ведь в свое время эти поставления были совершены тайно, без всякой публичности и огласки, как бы крадучись, в ночное время, в неосвященном храме, чтобы не помешали. Впрочем, на деле польская власть как будто примирилась с совершившимся фактом. Но теперь и с православной стороны не было сделано никакой попытки легализовать уже существующую иерархию. Напротив, все прежние епископы должны были оставить свои кафедры и сдать их новым «упривилегованным» избранникам. Не потому только, что они были нелегальными, не имели королевского утверждения. Гораздо важнее другое. «Привилегий» добились теперь представители противоположной церковно-политической ориентации, и они вовсе не имели интереса закреплять легализацией положение своих противников. В сущности, «восстановление» православного епископата на основании «пунктов» 1632 года было упразднением и отменой Феофановой иерархии… В спешном порядке (и при том самими сеймовыми депутатами, а не на местных епархиальных собраниях) были выбраны новые епископы, и утверждены королем. Могила был избран митрополитом, и князь А. Пузина в Луцк, — оба принадлежали к полонофильской аристократии, и оба участвуют в ближайшие годы в униональных переговорах и сговорах, вместе с Адамом Киселем… Могила не расчитывал на мирный прием в Киеве. Ведь в Киеве был митрополит. Это был Исаия Копинский, в свое время рукоположенный патр. Феофаном в Перемышль и переизбранный в Киеве после смерти Борецкого. По-видимому, Могила уже сталкивался с Исаией, по вопросу о заведении латинской коллегии, еще раньше во время переговоров со Смотрицким… Поэтому хиротония Могилы была назначена во Львове; совершал ее, кажется, волошский митрополит. В то же время Могила просил патриаршего утверждения, Кирилл Лукарис дал ему и звание «экзарха святаго апостольскаго Константинопольскаго трону». С таким двойным авторитетом «упривилегованнаго» митрополита и патриаршего экзарха, Могила явился в Киев. У него было здесь не мало единомышленников. Но ему пришлось выдержать и очень неприятную борьбу со своим «деградованным» предместником, которого нужно было удалять не только силой, но именно прямым насилием. Спор и борьба продолжались и дальше. Это не был только спор о власти, это был именно спор об общей церковно-культурной и церковно-политической ориентации. Исаия, человек простой и сильной веры, отчасти напоминает Вишенского. Он весь в преданиях восточного богословия и аскетики, и ко «внешней мудрости» относился весьма недоброжелательно и недоверчиво. «Ин бо есть разум мира сего, ин же духовен. Духовного бо разума от Пресвятого Духа учишася вси святии и просветишася яко солнце в мире. Днесь же не от Духа Свята, но от Аристотеля, Цицерона, Платона и прочих языческих любомудрцев разума учатся. Сего ради до конца ослепоша лжею и прельстишася от пути правого в разуме. Святии заповедей Христових и умного делание учишася, сии же точию словес и глаголаний учатся; внутрь души мрак и тма, на языце ж вся их премудрость…»
Это сразу и о латинянах, и еще больше о новой ориентации православных…