В Синодальном ведомстве дело велось с методической медлительностью и оставалось в руках обер-прокурорского надзора. Общественное и общее мнение требовало и ожидало преобразований по воспитательной части, во всяком случае. С 1857-го года Духовно-Учебное Управление начинает собирать отзывы и мнения у сведущих и у начальствующих лиц. В том же году отправляется во Францию обер-прокурорский чиновник с полуофициальным поручением познакомиться с устройством и бытом тамошних римско-католических семинарий. Собирали сведения о богословских школах и в Англии. Справлялись и о том, «как воспитывается и чему обучается на Востоке юношество, приготовляющееся к служению Православной Церкви…»
Сам Государь, во время своей поездки по России в 1858-м году, побывал в нескольких семинариях. И в следующем году, по Высочайшему повелению, была назначена экстренная ревизия духовно-учебных заведений. Ревизовать был послан директор Духовно-Учебного Управления, князь С. Н. Урусов. Он должен был определить, в какой мере реформа необходима. Урусов осмотрел одиннадцать епархий и закончил свое обозрение только уже в 1861-м году. Особенно неудовлетворительной нашел он часть воспитательную, — бедность, скудость средств, слабость надзора, отсутствие нравственных связей. Но и учебные планы оказались очень непрактичными и неудачными. Требовалась коренная реформа…
Еще раньше, в начале 1860-го года, был образован при Синоде особый комитет для рассмотрения поступавших с мест отзывов и материалов, под председательством Димитрия Муретова, тогда архиепископа Херсонского. В этот комитет был передан и отчет Урусова. Комитет должен был сообразить все представленные отзывы и разработать план преобразовений…
Архиепископ Димитрий сразу же многих удивил и смутил решительностью своих предложений. В его плане перекрещиваются двоякие мотивы. С одной стороны он считал необходимым сохранить всю существующую сеть школ, но с тем, чтобы перестроить их в общеобразовательные гимназии духовного ведомства и приравнять по программам и правам к обычным гимназиям. Духовенство сохранит прежнюю удобность воспитывать и учить своих детей, но воспитанникам этой сословной школы не будет ни закрыт, ни даже затруднен выход в другие состояния. По разным мотивам, этой свободы «выхода из духовного звания» желали сами учащиеся, и многие представители церковной власти. Филарет Московский был против всяких стеснений и запретов. «Невольник не богомольник. И к чему это порабощать свободных, когда и несвободным дают свободу…»
С другой стороны, арх. Димитрий считал нужным совершенно перестроить богословские классы существующих семинарий в особые пастырские школы. Для них он удерживал прежнее имя «семинарий», но имел в виду всего скорее римские семинарии. Сюда следовало допускать людей уже сложившихся, с установившимся призванием, — из духовных гимназий в семинарии должны переходить только желающие, по своей доброй воле. Новые семинарии должны были быть учебными заведениями закрытыми, с очень строгим аскетическим и богослужебным режимом. Арх. Димитрия всего больше смущала внутренняя неприготовленность и нетвердость духовенства в исполнении все усложнявшихся задач пастырского служения. Нужно было поднять дух и усилить ревность. В семинарии следует допускать желающих и из других состояний…
Строго говоря, план Димитрия Херсонского означал молчаливое упразднение сословности духовенства. И при последовательном проведении в жизнь этот план в короткое время должен был привести к разложению всей существующей церковно-политической системы, к освобождению Церкви от государства, от его опеки и власти. Трудно сказать, насколько это предвидел и насколько того сознательно добивался сам архиепископ Димитрий. Но его противники сразу почувствовали, что этот план связан с какими-то решительными переменами во всей церковной жизни. И казалось опасным так решительно ломать исторически сложившейся и привычный тип смешанной школы. Такого мнения был и Филарет Московский, которого в комитете представлял Горский. Главная слабость нового предположения была, конечно, в том, что финансировать его оказывалось очень нелегким. Государство к новым тратам и ассигновкам вовсе не было расположено. В возможности увеличить местные средства твердой уверенности не было. И к тому же передача духовных школ на местное обеспечивание тем самым означала бы ослабление центральной власти Учебного Управления, т. е. и всего обер-прокурорского надзора, всей бюрократической системы Синодального ведомства…
В основном, план арх. Димитрия был все-таки одобрен и принят большинством комитета. Светские члены остались при особом мнении. Тертий Филиппов, секретарь комитета, в особенности предостерегал против аскетической односторонности, которая его смущала в плане новых «семинарий». Он предпочитал вернуться к широким и гуманистическим принципам старого устава 1814-го года…