В начале 90-х годов помогал В. Путину, занимавшему в это время пост председателя Комитета по внешним связям (КВС) мэрии Санкт-Петербурга продолжать занятия дзюдо, выступая на тренировках в качестве его спарринг-партнера (благодаря чему прослыл «тренером Путина»).
В декабре 1991 года стал одним из учредителей фирмы АОЗТ «Балтийские бизнес-партнеры» с долей в уставном фонде в 10 % (другие три учредителя: тбилисский житель Леван Пирвели – 50 % акций, Игорь Шитиков – 30 %, Ясон Антия – 10 %).
В статье, опубликованной в июне 2004 года на сайте «Компромат», Александр Костин пишет: «Бывший тренер Владимира Путина Аркадий Ротенберг начинал с крышевания палаток – занимался в 90-е годы бизнесом совместно с предпринимателями, которых в прессе иногда именуют «тамбовскими», в частности, с Олегом Шустером (совладелец клуба профессионального ушу «Фэй лун», зарегистрированного КВС Путина в 1993 году, руководитель Фонда поддержки торговых и промышленных предприятий Северо-Западного региона, один из спонсоров культового телесериала «Улицы разбитых фонарей»). Один из пристроенных Ротенбергом людей – Олег Шустер – первый вице-президент Национального союза дзюдо, помощник вице-премьера правительства России, министра сельского хозяйства А. Гордеева. Так вот, этот самый Олег Шустер – не кто иной, как тот самый питерский бизнесмен и «тамбовский авторитет» Шустер, некоторое время владевший местным 11-м телеканалом и входивший в верхний эшелон «тамбовских» наряду с бывшим тренером по боксу, впоследствии депутатом Госдумы по списку ЛДПР, Михаилом Глущенко («Хохол»), авторитетами Васей «Брянским», Степой «Ульяновским» и Бобом «Кемеровским») (www.compromat.ru).
В июле 1993 года возглавил «Фирму Грант» (учредители: Зорин Игорь Алексеевич и Бадиков Денис Борисович).
С 13.06.1995 – соучредитель ООО «Охранное предприятие «Шилд» (три учредителя: Аркадий Ротенберг, Николай Кононов и Владимир Носов – по 33,3 %; руководитель – Н. Кононов).
С декабря 1995 года – соучредитель компании ООО «РКК» (два других соучредителя: Кирсанов Игорь Владимирович и Князев Андрей Алексеевич; у каждого из троих по 33,3 % уставного капитала).
В феврале 1997 года учредил (совместно с Путырским Владимиром Кирилловичем) Фонд «Международный информационно-аналитический центр» (МИАЦ; руководитель – Туманов Константин Евгеньевич).
В июне 1998 года стал генеральным директором некоммерческого предприятия Фонд «Спортивный клуб дзюдо Явара-Нева», учрежденного совладельцами Группы «Кинэкс» Геннадием Тимченко и Андреем Катковым.
Осенью 1999 года познакомился с бизнесменом (торговцем водкой) Сергеем Зивенко и, в свою очередь, познакомил Зивенко с руководителем Службы безопасности Путина Виктором Золотовым. «Зивенко вместе с Ротенбергом основал две торговые фирмы, офисы которых находятся на самой известной в Москве улице – на Новом Арбате» («Шпигель», № 19, 2001 год – «Независимая Газета», 6 июля 2001).
В мае 2000 года способствовал назначению С. Зивенко на пост гендиректора «Росспиртпрома» (по версии журнала «Шпигель» – через В. Золотова, по версии сайта «Компромат. ру» – через А. Гордеева; в 2002 году С. Зивенко потерял этот пост – по мнению Юлии Латыниной, был ««съеден» людьми Патрушева» – «Новая газета» от 7 октября 2002).
В начале 2000 года А. Ротенберг вошел в совет директоров санкт-петербургской компании «Талион» (девелоперский, игровой, гостиничный, ресторанный бизнес), который возглавляет Александр Ебралидзе, имеющий репутацию авторитетного предпринимателя – два срока за разбойное нападение и хулиганство – SmartMoney, 16 (106) 12 мая 2008. Официально А. Ротенберг доли в компании «Талион» не имеет (там же).
В 2001 году вместе с братом Борисом создал банк «Северный морской путь» (СМП-банк), в котором возглавил совет директоров.
В сентябре 2003 года пролоббировал (как считается, через А. Гордеева) назначение на пост руководителя Госкомрыболовство Александра Тугушева (летом 2004 года Тугушев был арестован по обвинению в коррупции, в феврале 2007 года осужден на 7 лет).
В 2003–2004 годах в союзе с А. Гордеевым и руководителями российского спорта – председателем Олимпийского комитета России (ОКР) Леонидом Тягачевым и председателем Госкомспорта Вячеславом Фетисовым – провел успешную операцию по перехвату контроля над российским структурами дзюдо у президента Федерации союза дзюдо России (ФДР) Владимира Шестакова (NB: не путать с Василием Шестаковым).
Для этого весной 2003 года А. Ротенберг организовал на базе петербургского и московского клубов «Явара-Нева» параллельную федерации Шестакова общероссийскую структуру – Национальный союз дзюдо (НСД), президентом которого стал А. Гордеев, а председателем Высшего совета – сам Ротенберг.
(НСД – некоммерческая организация, созданная 18 марта 2003. Учредители: Госкомспорт России, Некоммерческое партнерство «Явара-Нева», клуб «Явара-М» и Автономная некоммерческая организация «Дирекция Москомспорта «Гран-при» по дзюдо»).