К примеру, по неизвестной причине в фонде Главного управления аэродромного строительства НКВД в ГАРФе отсутствуют объяснительные записки от начальников трех лагерных отделений Вяземлага — Смоленского, Купринского и Краснинского асфальто-бетонных районов — об обстоятельствах эвакуации летом 1941 г. личного состава и техники. По всем остальным девяти АБР Вяземлага такие записки есть, а по трем указанным — нет! С учетом точного совпадения мест дислокации Смоленского, Купринского и Краснинского АБР с указанными в материалах комиссии Бурденко местами дислокации «лагерей особого назначения» № 1-ОН, № 2-ОН, № 3-ОН, изъятие объяснительных записок начальников этих АБР из общего массива документов Вяземлага следует признать косвенным доказательством факта содержания «катынского» польского контингента в этих трех АБР.
Аналогичная «лакуна» выявлена в Российском государственном военном архиве в фонде 136-го отдельного батальона конвойных войск НКВД. Из массива рассекреченных документов батальона изъят архивный том с проектами приказов по данной воинской части за период с 15 марта по 12 июня 1941 г. Предположительной причиной изъятия именно этого тома (так называемой «книги проектов приказов») является перевод бойцов 2-й роты 136-го батальона с внешней охраны Козельского лагеря НКВД для военнопленных на внешнюю охрану Катынского исправительно-трудового лагеря Вяземлага («лагеря № 2-ОН», по терминологии комиссии Бурденко). Изъяты также многие оперативные приказы по 136-му отдельному батальону за 1940–1941 гг., причем именно за те периоды, когда батальон занимался конвоированием польских военнопленных или внешней охраной Катынского лагеря.
Депутатом Государственной Думы РФ В.И. Илюхиным выявлен факт изъятия в 1964 г. из хранящихся в Информационном центре УМВД по Пензенской области архивных фондов Вяземского исправительно-трудового лагеря НКВД всех документов, касающихся заключенных, содержавшихся в 1940–1941 гг. в Смоленском, Купринском и Краснинском асфальто-бетонных районах Вяземлага. Документы были вывезены из Пензы в Москву, где их следы затерялись. По некоторым данным, вывезенные в 1964 г. из Пензы документы о польском контингенте Вяземлага периода 1940–1941 гг. были помещены на спецхранение в Центральный государственный архив народного хозяйства СССР (ныне — Российский государственный архив экономики), откуда они были вторично изъяты в 1996 г. и направлены на спецхранение в Архив Президента Российской Федерации.
Доктором исторических наук Ю.Н. Жуковым в АПРФ при просмотре подборки документов, подготовленных в 1992 г. для «дела КПСС» в Конституционном суде, была обнаружена ксерокопия подлинного письма Берии в ЦКВКП(б) с предложением о расстреле 3196 польских преступников. К сожалению, Ю.Н. Жукову не удалось тогда получить копию этого важнейшего документа.
Одной из самых интересных документальных находок, сделанных участниками проекта «Правда о Катыни», является обнаружение независимым исследователем Г. Спаськовым в Российском государственном военном архиве двух рассекреченных оперативных сводок за 1941 г. 55-го полка войск НКВД по охране особо важных объектов. Из содержания этих сводок частично прояснилась судьба примерно 6000 военнопленных полицейских из Осташковского лагеря. Выяснилось, что в январе — феврале 1941 г. их перебросили в район Беломоро-Балтийского канала (предположительно в Маткоженский исправительно-трудовой лагерь НКВД на строительство Маткоженской ГЭС), а в первых числах июля 1941 г., уже после начала войны, стали небольшими партиями конвоировать через Пудож в направлении Архангельска.
Также весьма интересной находкой следует признать циркуляр НКВД СССР № 245сс от 18 сентября 1941 г. «О порядке освобождения польских граждан». Данный циркуляр доказывает, что амнистия 12 августа 1941 г. не была всеобщей и существовал контингент польских граждан, вообще не подлежавший освобождению, — осужденные по «бытовым» статьям УК польские уголовники, родственники находившихся на нелегальном положении членов ОУН, провокаторы в польской компартии и комсомоле. Весьма ограниченно (лишь при наличии персонального заключения ГУГБ НКВД СССР о целесообразности освобождения) освобождались по амнистии от 12 августа 1941 г осужденные за шпионаж и подследственные по статьям о шпионаже. Кроме того, в этом циркуляре есть ссылки на три директивных письма НКВД от 19 августа 1941 г., имевших прямое отношение к «катынским» полякам, — № 429 «О порядке освобождения польских военнопленных» и №№ 430, 431 «О порядке освобождения польских граждан». С учетом свидетельства А. Богатикова, можно предположить, что одним из этих подзаконных актов НКВД могло быть отсрочено до 1945 г. освобождение осужденных польских полицейских из Осташковского лагеря.