Лютеране же и кальвинисты (реформаты), напротив, по-прежнему придерживались того мнения, что для безопасности общества необходимо иметь общую религию. При этом в качестве примера они указывали на мюнстерские события, показавшие, что может случиться, если предоставить людям право самим выбирать себе религиозную общину, либо вообще отказаться от членства в какой бы то ни было церкви. В 1540-х годах Менно в своих посланиях главам этих государственных церквей много полемизировал по этим вопросам и большая часть сохранившихся документов, написанных его рукой, относится именно к этому периоду.
В 1544 году в Эмдене состоялась первая важная встреча-дискуссия по вопросам вероучения с Яном Аласко, после чего Менно выпустил два пространных заявления. Вторая дискуссия была с Мартином Майкроном, пастором реформатской церкви в Лондоне. После того, как королева Мария, отменив реформы, проведенные Генрихом VII и Эдуардом VI, восстановила католицизм в качестве государственной религии в Англии, кальвинистам пришлось покинуть страну. Зимой 1553 года они высадились на побережье северной Германии неподалеку от Висмара. Меннониты, сами находившиеся в то время на положении беженцев, протянули беглецам руку помощи, когда их лодка застряла в прибрежных льдах, и помогли обосноваться на новом месте, где никто не хотел иметь с ними дела.
В феврале 1554 года по настоянию реформатских лидеров между ними и меннонитами была устроена серия дебатов. На встречу приехал и Майкрон, тем временем обосновавшийся в Эмдене. Вопреки изначальному замыслу встречи, он опубликовал свое изложение состоявшейся дискуссии, принудив Менно также публично высказать свою точку зрения по всем затронутым вопросам и ответить на заданные ему Майкроном критические вопросы. За сим последовала еще одна публикация Майкрона, и на этом как частная, так и публичная дискуссия завершилась. Вся эта история могла бы показаться вполне безобидной, если бы публичная дискуссия между двумя гонимыми сектами не привлекла внимания властей и в итоге вновь не заставила Менно скрываться.
Затем Менно пришлось полемизировать с Геллиусом Фабером, который склонялся к лютеранству, однако в Эмдене сотрудничал с реформатов Яном Аласко. В 1544 году Фабер участвовал в полемике с Менно, а в 1522 году написал против анабаптистов столь несправедливую брошюру, что Менно просто не мог воздержаться от публичного ответа. Эта работа, так и названная "Ответ Гелиусу Фаберу", содержит в себе рассказ об обращении Менно и историю его призвания на служение. Кроме того, там очень четко и ясно излагаются догматические отличия меннонитов от лютеран и реформатов по таким вопросам как крещение, евхаристия, церковная дисциплина, природа Церкви и воплощение Христа. Эта полемика выявила со всей определенностью, что меннониты не сходятся с этими государственными церквями по таким двум основополагающим вопросам как основы христианской жизни и природа Церкви. В первом случае меннониты придавали решающее значение новому рождению и практическому следованию заповедям Спасителя и личной жизни или ученичеству. По их мнению, креститься и стать членами церкви могут только те, кто покаялся и на личном опыте испытал воздействие благодати Божьей. Свидетельством же нового рождения должно считаться прежде всего серьезное стремление жить, как ученики Христовы, полностью предавая себя воле Господа. Наиболее важными признаками вступления человека на путь апостольский считались любовь и непротивление. Что же касается природы Церкви, то меннониты утверждали, что она должна быть свободным собранием верующих, т.е. члены церкви связаны друг с другом только общей верностью Христу и взаимной любовью. Следование же Христу должно естественно привести к отделению от мира, а жизнь изгнанников является благотворным испытанием, орудием Божьей любви, стремящейся исправить заблудших и удержать верных от ошибок. Использование оружия, а также других инструментов государственной власти для навязывания людям воли церкви отвергалось как противоречащее учению Христа и апостолов.
Батенбургеры, йористы и Адам пастор
Помимо преследований со стороны этих государственных церквей и римо-католиков, Менно приходилось противостоять всевозможным фанатикам, которые не только мешали ему работать в своей среде, но и компрометировали все анабаптистское движение в целом. Наиболее активными среди них были так называемые батенбургеры, йористы и Адам Пастор. Самой опасной, но, к счастью, и наиболее недолговечной группировкой были батенбургеры, пытавшиеся продолжать агрессивные традиции Мюнстера. Они взламывали и грабили церкви и старались убивать всех, кого не удавалось обратить в свою веру. Кроме того, по мюнстерскому примеру, они практиковали многоженство и общность имущества. Вскоре после 1544 года батенбургеры, фактически, утратили свое влияние, однако их злодеяния причиняли немало вреда мирным анабаптистам, поскольку у многих людей все анабаптисты еще долгое время ассоциировались со всевозможными эксцессами и насилием.