Пришедший к власти либерал и социалист Зульфикар Али Бхут-то, начавший новый этап в отношениях Пакистана с Китаем, пытался укрепить свои позиции, заигрывая с исламскими фундаменталистами. В 1974 г. он уступил их требованию признать общину Ахмадийа немусульманской, а позднее выказал свою лояльность к определенным мерам по исламизации, которых добивалось движение «Низам-и-Мустафа». Новая образовательная политика 1972 года также провозгласила ислам краеугольным камнем пакистанского общества. Было предложено отразить это в учебных программах.
В 1977 г. Бхутто лишился власти, и фанатик Зия-уль-Хак энергично приступил к исламизации пакистанского общества, включая и армию. Он допустил «Таблиги Джамаат» в вооруженные силы Пакистана и активно подталкивал пакистанское общество к движению в сторону религиозного консерватизма.
Накопленный опыт предстояло использовать впоследствии. На сцене афганского джихада в качестве активных и фанатичных его участников появилось несколько воинствующих и сектантских организаций. Они представляли обскурантистское, панисламистское мировоззрение и находились в жестком противостоянии западным ценностям и Индии. Первой начала действовать «Харкат ул-Муджахедин», претерпевшая несколько последовательных перевоплощений, по мере того как она дробилась. Большинство этих и других группировок, таких как «Лашкар-и-Тайба», «Сипах-е-Сахаба», «Лашкар-е-Джангви», а впоследствии и «Джайш-е-Мохаммед», набиралось из провинции Пенджаб. Многие боевики проходили обучение в Афганистане. Пенджабский фактор в афганском джихаде всегда был значительным, как это происходит и сейчас, в случае с группировкой «Техрик-и-Талибан Пакистан». Несмотря на то, что организация «Лашкар-и-Тайба» появилась немного позже и не принимала активного участия в джихаде, она была вовлечена в деятельность «Международного исламского фронта джихада» Усамы бен Ладена. Ей предстояло стать любимой террористической группой ISI, действующей в Кашмире и других областях Индии с 1990-х годов и до настоящего времени.
Начиная с 1989 г., по мере того как пакистанские службы стали брать под свой контроль сепаратистские силы, в Джамму и Кашмире активизировались выступления мятежников. Неумелые действия индийского правительства были причиной такой вспышки в Сринагаре в 1989 г., как раз в момент вывода советских войск из Афганистана. После периода затишья Пакистан увидел в этом удобную возможность оживить сепаратистское движение в Кашмире.
Разрушение мечети Бабри Масджид в Айодхъе, в североиндийском штате Уттар-Прадеш, в декабре 1992 г. воспламенило гнев мусульман. В 1993 году он вылился в массовые беспорядки в Мумбаи и организованные там с помощью ISI взрывы бомб. Необходимо отметить, что инциденты в Мумбаи не были связаны с Кашмиром, и мусульмане в других частях Индии никогда не увязывали эти проявления недовольства с выступлениями кашмирских мусульман.
1990-е годы оказались сложными для индийского государства. Пакистанцы снаряжали одну террористическую группу за другой, прибегая к тактике джихада в качестве мести за 1971 г. (отделение Восточного Пакистана при поддержке Индии –
Пополнение джихадистов приходило из беднейших слоев пакистанского населения, а мученичество вознаграждалось. Пакистан был полностью поглощен этим джихадистским рвением, поскольку временами ему казалось, что в отсутствие Соединенных Штатов, которые «упаковали чемоданы и отбыли», можно достичь своих целей в Кашмире.