Атака началась, как и планировалось, ровно в 07:45. В это время, все египетские самолеты, кроме одного — двух-моторного Ила, который летел к границе Израиля с тремя высокопоставленными офицерами вооруженных сил Египта на борту, находились на земле. Одним из них был Начальник Генштаба генерал Амер. Они прослушивали радиопереговоры на частоте, которой израильские летчики пользовались во время своих обычных полетов, но не заметили ничего необычного. Внезапно, Диспетчерская управления воздушным движением египетской авиабазы передала генералам, что авиабаза подверглась воздушной атаке. Было ровно 07:45; Ил немедленно развернулся и, когда направлялся к авиабазе, генералы приказали по радио командованию на земле попытаться разобраться в том, что происходит, но все что они могли слышать, была разноголосица голосов и шумов. Каждый раз когда они хотели где-нибудь приземлиться, то понимали из нескольких простых слов, которые им удавалось разобрать, что по аэродрому наносится удар. Они несколько раз пытались приземлиться на одной из множества египетских авиабаз в зоне Суэцкого канала, но по всем ним наносились бомбовые удары и их ВПП были выведены из строя. Наконец, Илу удалось приземлиться в аэропорту Каир-Интернэшнл, и три генерала бросились в штаб, где им доложили, что практически все ВВС Египта уничтожены.
Учитывая ограниченное количество самолетов имевшихся в их распоряжении и тот факт, что расстояние, которое им приходилось пролетать было довольно небольшим, израильтяне имели возможность по несколько раз применять самолеты, таким образом, умножив количество самолето-вылетов. После первого удара, который стал совершенной неожиданностью для египтян потому, что их РЛС и средства связи были ослеплены, израильские самолеты возвращались на аэродромы для дозаправки и подвески вооружения и вновь взлетали с другими летчиками. Уничтожив 300 из 320 египетских самолетов, израильтяне немедленно перешли к уничтожению ВВС других арабских государств, граничащих с Израилем. После быстрых ударов, ВВС Ирака, Иордании и Сирии были уничтожены.
Менее чем через два дня, имея довольно незначительное количество самолетов, ВВС Израиля выполнили около 1 100 боевых вылетов, а многие летчики совершали по 8 — 10 вылетов в день.
К этому времени, израильтяне добились полного господства в воздухе и могли перейти к непосредственной поддержке своих сухопутных войск. Египетский экспедиционный корпус на Синае, численностью 100 000 человек, был смят и полностью разбит израильскими бронетанковыми подразделениями и побросал на поле боя совершенно новые системы оружия, включая танки и электронное оборудование только что полученные из России.
Египетский Президент Насер не мог поверить, что израильтяне, без внешней помощи, могли добиться таких выдающихся результатов за такой короткий отрезок времени. Утверждая, что невозможно силами таких небольших ВВС выполнить так много самолето-вылетов, он пытался убедить своего союзника — короля Иордании Хусейна, что израильтянам помогали американские и британские самолеты. Однако израильтяне, которые систематически перехватывали все электромагнитные излучения противника, опубликовали перехват радио-телефонного разговора, который произошел в 04:45, 6 июня, между Президентом Насером и королем Хусейном. Из разговора, даже русским было понятно, что арабские лидеры сговаривались распустить слухи о том, что США и Великобритания участвовали в израильских налетах. В результате перехвата этого разговора, международная напряженность ослабла, и перспективы войны с участием Сверхдержав удалось избежать.
Как часто случается в войнах, даже победители допускают ошибки. И в этой войне, израильтяне допустили несколько таких ошибок, одна из которых была особенно серьезной. Утром 8 июня, близ Эль Ариша, корабль-шпион ВМС США "Либерти" был атакован двумя израильскими истребителями Mirage и тремя пушечными катерами. Они спутали этот корабль с египетским эсминцем, оборудованным аппаратурой РЭБ, для подавления израильских РЛС. Судно-неудачник было сильно повреждено, 34 члена его экипажа было убито и 75 ранено. Правительство США приняло объяснения и извинения Израиля, хотя трудно было понять, как израильтяне могли спутать корабль-шпион с эсминцем. Лейтенант Джеймс М.Эннес, офицер-электронщик с "Либерти", заявил, что атака была настолько хорошо скоординирована, чтобы трудно ее назвать ошибкой. С другой стороны, объяснения Государственного департамента США о том, что делал корабль-шпион возле египетских территориальных вод, также были не совсем понятны. Было сказано, что этот корабль находился там для "обеспечения" связи между американскими постами прослушивания на Ближнем Востоке.
Правдой же было то, что американские корабли типа "Либерти" и подобные им русские корабли-SIGINT находились в том районе для перехвата и регистрации излучений средств связи и РЛС, и ретрансляции их своим правительствам, которые пристально следили за развитием событий в этой взрывоопасной точке мира.