В состав отдела криптологии вошли 4 секции, три из которых отвечали за обеспечение криптографической безопасности систем связи соответственно сухопутных войск, ВВС и ВМС, а четвертая секция должна была заниматься вопросами криптоанализа шифров и кодов иностранных государств. Все работы отдела предписывалось осуществлять в обстановке глубокой секретности, для чего под его нужды было выделено небольшое, но отдельное здание, которое среди сотрудников стало именоваться «Серым домом». Накануне Второй мировой войны численность отдела возросла, в связи с чем ему были предоставлены помещения на одном из этажей Военной академии. Вскоре и этих помещений оказалось недостаточно, поэтому при очередном увеличении численности сотрудников секция криптоанализа была переведена из академии в отдельное здание.
Утром 30 ноября 1939 года войска Ленинградского военного округа под командованием генерала К. Мерецкова пересекли советско-финляндскую границу и стали продвигаться вглубь Финляндии, что фактически означало начало войны. В тот же день Президент Финляндии Кюёсти Каллио заявил, что «Финляндия объявляет состояние войны».
Именно в годы этой войны, вошедшей в историю как советско-финская кампания или Зимняя война, началось сотрудничество Швеции и Финляндии в области радиоразведки и криптоанализа. Нарядус отправкой добровольцев и поставками вооружения Швеция передавала своему соседу разведывательные данные, полученные путем радиоперехвата и чтения шифр переписки сухопутных частей Красной Армии. Шведским криптоаналитикам удавалось также дешифровывать радиотелеграфные сообщения советских ВВС. Многие из них содержали приказы о нанесении бомбовых ударов по столице Финляндии. Очень часто эти криптограммы дешифровывались еще до момента вылета советских бомбардировщиков с аэродромов, расположенных в Латвии и Эстонии всего в 20 минутах полета от Хельсинки. Благодаря этому, финские власти имели достаточный запас времени, чтобы заблаговременно предупредить население города о готовившихся воздушных налетах.
Зимняя война продолжалась 105 дней и завершилась подписанием 12 марта 1940 года мирного договора в Москве. Однако важные события во взаимодействии разведслужб Швеции и Финляндии были еще впереди.
9 апреля 1940 года немецко-фашистские войска вторглись в Данию и Норвегию. В ходе проведения Германией морской десантной операции норвежскими средствами береговой обороны были уничтожены 7 немецких транспортных судов, на борту которых находились войска и вооружение, в том числе и различная техника связи.
Испытывая трудности в организации управления войсками, находившимися на территории Норвегии, Германия обратилась к правительству нейтральной Швеции с запросом об использовании ее линий телефонной и телеграфной связи, проходивших по западному побережью страны.
Получив согласие, командование немецких войск уже с 18 апреля приступило к их использованию. Помимо этого Германия продолжала передачу дипломатических сообщений по отдельной линии, связывавшей немецкое посольство в Стокгольме с Берлином, а начиная с середины июня 1941 года приступила также к использованию новой линии связи Стокгольм – Гельсингфорс. Всего в годы войны в интересах Германии использовались 4 линии телеграфной связи из Осло в направлении Нарвика, Стокгольма, Копенгагена, Берлина и Тронхейма.
Испытывая несмотря на нейтралитет тревогу за безопасность своей страны, военно-политическое руководство Швеции решило не упускать уникальный шанс оказаться в курсе планов немецкого военного командования. В результате уже в конце апреля 1940 года шведская радиоразведка подключилась к доступным ей телеграфным линиям связи и стала осуществлять перехват передаваемых по ним открытых и зашифрованных сообщений.
Одновременно с началом перехвата немецких сообщений шведскими криптоаналитиками была предпринята попытка проникнуть в тайны функционирования немецкой буквопечатающей аппаратуры связи. Результат не заставил ждать себя очень долго – первое представление о принципах шифрования, использовавшихся в машине Т-52А/В, было получено секцией криптоанализа уже 25 мая 1940 года. Полученные 27 мая дополнительные материалы перехвата и результаты их анализа подтвердили правильность первоначально сделанных предположений, что позволило уже через две недели сформулировать основные принципы устройства и работы немецкой шифровальной машины.