Завершив работу над портретом, он не стал задерживаться в Урбино из-за гнетущей обстановки во дворце и ждать возвращения друга Кастильоне из Болоньи. Портрет оставил в дар Марии Варано. Её мать в это время была в Риме, где улаживала при дворе кое-какие дела. Он уехал во Флоренцию выполнять новые заказы знати.
Раскрыть тайну картины «Немая» помогли некоторые подробности о трагическом событии, имевшем место в Урбино в начале ноября 1507 года, до появления там Рафаэля. Они стали известны из дневника венецианца Марино Санудо и короткого письма Кастильоне матери. Как сообщает историк Санудо, у которого были всюду информаторы, в Урбино произошло следующее. Пока участники мартовских бдений вели беседы о благородстве чувств и чистоте платонической любви, во дворце назревали события, которые должны были привести к трагической развязке. Однажды юнец Франческо Мария перехватил записку сестры Марии к Джован Андреа Браво, любимцу хворого дяди. Она свидетельствовала о близости между сестрой и безродным пажом. Открытие потрясло брата, и им овладела жажда мести. Его особенно возмутило, что наглец назначал сестре свидание подальше от глаз придворных — в замке Сассокорваро, подаренном ему благодетелем герцогом.
Неожиданно подвернулся счастливый случай расквитаться с любовником сестры в поединке на турнире, на который съехалось немало гостей. Однако как ни старался одержимый жаждой мести Франческо Мария нанести смертельный удар Браво и защитить честь семьи, тому удалось удержаться в седле и ловко увёртываться от ударов вошедшего в раж противника. Выступивший арбитром турнира герцог Гвидобальдо никому из участников поединка победу не присудил. Джованна Фельтрия увидела в том пристрастность судейства и открыто высказала брату несогласие с таким решением. Её поддержали и другие дамы, наблюдавшие за поединком. А герцогиня Елизавета не мудрствуя лукаво заявила:
— Меня изрядно позабавил этот, как его там… Джован Андреа, напоминавший трусливого зайца, скачущего по стерне и стремящегося замести следы.
Будучи не посвящённой в семейную тайну, Джованна Фельтрия своими резкими высказываниями об исходе поединка сама подвигла самолюбивого и мстительного сына на решительный шаг, и тот дождался своего часа. Как-то после дружеского ужина он предложил ничего не подозревавшему Джован Андреа пройти в зал, где новый учитель фехтования обещал показать несколько интересных приёмов. Едва они туда вошли, как трое дюжих слуг набросились на парня и заломили ему руки за спину. Вынув из ножен шпагу, Франческо Мария крикнул опешившему Джован Андреа:
— Получай, несчастный, плату за предательство!
Тот принял всё за шутку и даже не пытался вырваться из рук слуг. Франческо Мария хладнокровно заколол улыбающегося безоружного противника. Приказав своим подручным отыскать и убить слугу, помогавшего любовникам обмениваться записками, убийца покинул дворец и скрылся.
Почувствовав неладное, Джованна Фельтрия с дочерью устремилась к фехтовальному залу, но стоявший перед дверью слуга заявил, что туда не велено никого пускать.
— Да как ты смеешь мне перечить! — гневно воскликнула Джованна Фельтрия.
Мать и дочь вошли в зал и увидели на полу в луже крови заколотого Джован Андреа. Оставив рыдающую дочь во дворце, мать несмотря на позднее время помчалась под проливным дождём на поиски сына. Она знала, где он мог укрыться, и не ошиблась. Франческо Мария решил отсидеться в родительском дворце в Сенигаллии.
— Ничего не говорите мне, мама! — сказал он, увидев её на пороге. — Но я уверен, что покойный отец оправдал бы мой поступок. Нельзя давать волю наглым смердам.
Страшная весть вскоре расползлась по дворцу и болью отозвалась в сердце герцога Гвидобальдо, который никак не мог поверить в жестокость любимого племянника. Как ни старалась местная власть скрыть содеянное, об убийстве стало известно при папском дворе. Узнав об этом злодеянии, рассвирепевший папа Юлий лишил своего племянника Франческо Мария делла Ровере титула префекта Рима, доставшегося ему по наследству от отца. Для выяснения дел он направил в Урбино в качестве доверенного лица Джулиано Медичи, которому пребывание во дворце настолько пришлось по вкусу, что он провёл там целых шесть лет, в память о чём помещение, которое он занимал, с той поры носит название «апартаменты Великолепного» в честь его славного отца.
Эта жуткая история окончательно подкосила герцога Гвидобальдо, и он слёг, распорядившись в последний момент позвать нотариуса, которому продиктовал некоторые изменения в завещании. Теперь в случае его кончины власть переходила полностью к супруге, герцогине Елизавете Гонзага, и от неё к прямому наследнику, но только по достижении им двадцатипятилетнего возраста. 11 апреля 1508 года герцог, последний из рода Монтефельтро, тихо отошёл в мир иной в возрасте тридцати шести лет.