Поселившись после избрания в покоях ненавистного предшественника, Юлий II не раз заявлял в сердцах, что его приводит в бешенство то, что «этот мерзкий выкрест путается под ногами!». У него были давние счёты с папой Борджиа, который держал его подальше от себя — в Авиньоне, где кардинал Джулиано делла Ровере не сидел сложа руки и немало сделал для укрепления роли Церкви за Альпами, а 31 декабря 1494 года вместе с войском Карла VIII вошёл в Рим, приветствуемый толпой. Но даже после поражения французов под Форново он продолжал оставаться в открытой оппозиции действующему папе при поддержке влиятельных римских кланов Колонна, Орсини, Савели, Каэтани и не последовал примеру опальных кардиналов, возвратившихся к папе Борджиа с повинной головой.
Когда тот же де Грассис предложил сбить фреску с изображением в рост «мерзкого выкреста» и членов его семьи, папа Юлий II как ценитель искусства предпочёл сменить жилые покои, нежели замазывать портрет предшественника кисти Пинтуриккьо и всё живописное великолепие «Апартаментов Борджиа». Не дожидаясь завершения работ в верхних помещениях, предназначавшихся для проживания и представительских целей, он перебрался туда, испытывая до конца дней своих неудобства, так как работы там не прекращались ни днём ни ночью. Ему не терпелось скорее увидеть резиденцию в новом блистательном убранстве, достойную римского понтифика. Примером ему служили бывший папский дворец в Авиньоне и дворец герцогов Монтефельтро в Урбино, поэтому он дал полную свободу действий Браманте, руководившему основными работами в здании, которое в середине XV века при папе Николае V было пристроено к старому папскому дворцу, существовавшему с XII века. Тогда же на Ватиканском холме появился дворец Бельведер.
До избрания на высочайший пост понтифика кардинал Джулиано делла Ровере считался покровителем римской церкви Сан-Пьетро ин Винколи, где при нём были откопаны на холме статуя Аполлона и несколько других античных изваяний. По его распоряжению Браманте построил крытый проход из Апостольского дворца к Бельведеру, куда и было помещено найденное изваяние. Позднее здесь будет установлена скульптурная композиция Лаокоон и другие античные скульптуры. Юлий был влюблён в бельведерского Аполлона и часто заходил туда полюбоваться изваянием, что послужило поводом для появления в городе похабных стишков, высмеивающих пристрастие папы к обнажённой натуре. Римских острословов хлебом не корми — дай позубоскалить невзирая на лица, пораспевать похабщину на площадях или в трактирах под треньканье мандолины. Приведём один из таких стишков, звучащий более-менее пристойно:
Юлий II вошёл в историю не только как папа-воин с его честолюбивыми представлениями о собственной исторической миссии спасителя Италии, но и как тонкий ценитель и покровитель искусства. Во имя былого величия Рима он немало сделал для украшения города и укрепления роли Ватикана в христианском мире. Эта была противоречивая фигура, наделённая острым умом, железной волей и вспыльчивым характером, усмирить который могла только его сестра мудрая мона Лукина. Папа ласково принял Рафаэля и разрешил «любезному сыну» присутствовать на заутрене в своей частной молельне, расписанной когда-то Беато Анджелико, специально приглашённым в Рим папой Николаем V.
— Такой чести удостаиваются только избранные, — пояснил Браманте, возвращаясь с Рафаэлем после аудиенции у папы. — Подумайте, мой друг, о портрете Его Святейшества. Сейчас самое время проявить себя с лучшей стороны.
Оказывая на первых порах содействие Рафаэлю, он явно недооценивал способности своего подопечного, который отлично разбирался в тонкостях дворцовой жизни и многое воспринял от друга Кастильоне, опытного царедворца. Советы Браманте часто были излишни и назойливы, а приносимые им как сорока на хвосте сплетни не всегда были приятны Рафаэлю, особенно когда они затрагивали Микеланджело. Он не видел творение Браманте в Милане и не мог пока судить о его подлинном таланте, а вот в Риме стал свидетелем того, как по приказу пользующегося полным доверием папы неугомонного архитектора рушились и корёжились многие античные сооружения, из-за чего сердце обливалось кровью. Расчищая места для будущих построек, Браманте любил повторять, что «дворцы должны расти из-под земли». Против его разрушительной политики и выступал со свойственной ему резкостью Микеланджело, чего Браманте не мог ему простить.