Рафаэль показал себя непревзойдённым мастером построения сложной композиции, где каждой фигуре определено своё место, а все вместе они составляют единое нерасторжимое целое. Он проявил себя в многофигурной композиции как замечательный режиссёр, владеющий сценическим пространством и выстроивший продуманные до мелочей мизансцены. Но стоит признать, что без помощи советников, многие из которых стали его друзьями, ему трудно было бы разобраться с таким количеством известных исторических персонажей. В правом углу фрески Рафаэль, как бы поставив автограф, изобразил себя в компании друга и помощника Содомы.
Особый интерес вызывает фигура задумавшегося Гераклита Эфесского, сидящего на переднем плане в одиночестве, в отличие от всех остальных персонажей в древнегреческих паллиумах или плащах одетого в затрапезную холщовую рубаху с длинными рукавами и обутого в сапоги. В предварительных рисунках и подготовительном картоне, хранящемся в миланском музее Амброзиана, эта фигура отсутствует. Она появилась в самый последний момент, когда Рафаэлю стало известно о возникших у Микеланджело трудностях и временной приостановке работ в Сикстинской капелле из-за нехватки выделенных средств в связи с новой военной кампанией, предпринятой папой и потребовавшей больших затрат, что привело также к повышению налогов. Пока народ робко сносил наложенное бремя и роптал вполголоса, лишь изредка кое-где вспыхивали волнения.
Однажды под вечер, покинув папский дворец, Рафаэль случайно повстречался на площади перед строящимся собором Святого Петра с Микеланджело. На сей счёт существует легенда, пущенная в ход историком искусства Джован Паоло Ломаццо в его «Трактате об искусстве живописи», изданном в Милане в 1584 году, согласно которой Микеланджело, увидев Рафаэля со свитой поклонников и учеников, зло промолвил: «Ты ходишь как военачальник со своим войском», на что прозвучал ответ: «А ты ходишь один как палач». Трудно принять на веру эти слова, которые Рафаэль по самой своей сути и мягкости характера никогда не мог бы произнести, поскольку высоко ценил искусство своего главного соперника. Наоборот, первым его желанием было остановиться и поговорить по-дружески, выразив сочувствие коллеге в трудную минуту. Но тот молча кивнул головой и проследовал дальше.
Заметив, как по лицу Рафаэля пробежала тень огорчения, словно он чем-то обидел товарища, Джованни да Удине сказал:
— Не стоит расстраиваться, мастер. Он, как сыч, ни с кем не ладит, хотя все мы заняты одним делом.
Рафаэлю вспомнились Флоренция и встречи с Микеланджело, а особенно посещение его мастерской, пропахшей кошками и кислятиной. Хозяин дома оказался тогда на удивление приветлив, показал некоторые работы и по-товарищески поведал гостю о своих неладах с заказчиком. Теперь, как говорят, он живёт в полном одиночестве на отшибе близ форума Траяна, никого не принимая. Недавно появился новый сонет Микеланджело, переписанный от руки и получивший хождение в городе. Этот крик души великого мастера, излившего в стихах свою горечь при виде царившего на земле зла, потряс Рафаэля, и ему захотелось запечатлеть Микеланджело таким, каким увидел его на площади Святого Петра, пусть даже он не жалует его своим вниманием и сторонится по непонятной причине.
Так возникла идея представить Микеланджело в образе Гераклита. Правда, высказывается мнение, что изображённый на фреске одиноко сидящий философ скорее напоминает поэта петраркиста Антонио Тебальдео, с которым Рафаэль не раз встречался в художественных салонах и позднее написал его ныне утерянный портрет, о чём вспоминает Бембо. Поэту в ту пору было под пятьдесят, а изображённому на фреске Гераклиту лет тридцать пять, и с такой версией невозможно согласиться, а тем более представить эстетствующего поэта в затрапезной одежде и сапогах. Приведём сам сонет, в котором отражена напряжённая обстановка тех лет в Риме, занятом военными приготовлениями, что столь непохоже на наступивший золотой век, о чём так много писали и спорили в последние годы гуманисты: