По заказу Киджи в мастерской Рафаэля были изготовлены раскрашенные картоны для покрытия мозаикой плафона капеллы в римской церкви Санта-Мария дель Пополо, приобретённой банкиром у бывших владельцев при содействии папы и главы ордена августинцев Эджидио да Витербо. Рафаэлю принадлежит также проект её архитектурного оформления и лепного декора. Вспомнив работу Перуджино в Меняльной бирже, он поделил сферический свод капеллы на восемь сегментов, украшенных орнаментом на золотом фоне с изображением планет, которые олицетворяют Аполлон, Венера, Диана, Сатурн, Марс и другие божества, а над ними величественная фигура Бога Отца. Один из ангелов держит ленту пергамента со словами:
Пока Рафаэль с командой трудился в ватиканских станцах, в конце апреля 1512 года французы начали спешно ретироваться из центральных областей Италии из-за угрозы вторжения Испании и Англии на их территорию. Воспользовавшись отходом неприятеля с прежних позиций, Юлий II решил примерно наказать флорентийцев за их пособничество захватчикам. Операцию он поручил, не без умысла, кардиналу Джованни Медичи, который спал и видел, когда ненавистный республиканский режим будет свергнут. Ему в помощь был выделен отряд союзников испанцев, которым была обещана богатая добыча. 30 августа того же года кардинал Медичи с вверенными ему отрядами подошёл к крепостным стенам города Прато под Флоренцией. Сопротивление защитников было подавлено огнём артиллерии, и через брешь в стене Прато был взят штурмом. Довольный успехом кардинал отдал поверженный город на откуп испанской солдатне. Богатый Прато, славящийся своими текстильными мануфактурами, был дочиста разграблен и залит кровью.
В отправленном папе послании Медичи писал об успешном завершении операции и отдельных случаях жестокости, которые не удалось предотвратить. Шесть тысяч убитых и сотни изнасилованных солдатнёй женщин и подростков — таковы «отдельные случаи жестокости», упомянутые вскользь кардиналом. Вслед за Прато пала Флоренция с её республиканским правлением, где после двадцати лет изгнания Медичи восстановили своё господство, и пожизненный гонфалоньер Содерини оказался в эмиграции.
Сюжеты росписей в Станце Илиодора отразили ход дальнейших событий. Первая написанная там большая фреска «Изгнание Илиодора из храма» явилась ярким подтверждением триумфа, одержанного Юлием II на Латеранском соборе. Он-то и стал главным советником художника и идеологом всего цикла Станцы Илиодора, состоящего из настенных фресок, одиннадцати кариатид, четырёх герм и ветхозаветных сюжетов на своде: Неопалимая купина, Лествица Иакова, Чудесное видение Ною и Приношение в жертву Исаака. Каждая сцена полна динамики и, самое главное, написана в стилистике настенных изображений. В центре свода помещён круг с гербом папы Юлия II.
Станца Илиодора должна была стать парадным залом для официальных приёмов и всем своим видом говорить любому входящему в него: «Поднявшего руку на Церковь да постигнет Божья кара». Нетрудно понять, какая пропасть лежит между посылами этих двух соседних залов. Сюжет взят из Второй книги Маккавеев (3:7-29), в которой повествуется о том, как сирийский царь Селевк, прослышав о несметных сокровищах главного храма Иерусалима, приказал своему воину Илиодору проникнуть в хранилище и выкрасть ценности.
На фреске развёртывается почти театральное действо, полное напряжения и зрелищности, чему способствуют в сравнении с соседним залом более сильные контрасты света и тени и тревожно таинственное мерцание тонов. Всё подчинено движению. Храм имеет форму греческой базилики с тремя нефами, чьи мощные арки нарастают из глубины друг над другом, как в «Афинской школе», в сторону зрителя. В глубине центрального нефа на фоне тревожного неба коленопреклонённый первосвященник Ония перед алтарём и зажжённым семисвечником молит о помощи, узнав о грозящей опасности. Позади него правоверные иудеи обсуждают страшную весть.