Вспомнив деда Санте, построившего себе за городом домик, чтобы слиться с природой, Рафаэль неподалёку от виллы Боргезе за крепостной стеной, воздвигнутой во времена Марка Аврелия, облюбовал себе спокойный уголок с домиком. Его стала угнетать городская и дворцовая суета, и он решил укрыться, дабы побыть наедине со своими думами на лоне природы. С помощью Бавьеры домик был приспособлен под мастерскую для работы над большим холстом, набитым на подрамник (269,5x201 сантиметр). Временные отлучки из мастерской для всех были тайной. Наняв пролётку, художник объяснял ученикам и знакомым, что нуждается в свежем воздухе на приволье. В округе его временное убежище долго значилось как вилла Рафаэля, хотя после написания картины он там больше не показывался. В 1849 году во время франко-австрийской интервенции и штурма Рима дом был разрушен.
В отличие от ватиканских «Коронования Девы Марии» и «Мадонны Фолиньо» Рафаэль здесь полностью порывает с землёй. Если бы он создал одну лишь «Сикстинскую мадонну», этого было бы достаточно, чтобы мир считал его величайшим живописцем всех времён. Прежде чем отправить картину заказчику, её выставили в одном из дворцовых залов, где ею могли полюбоваться придворные, римская знать и дипломатический корпус при Ватикане. Задумавшись, папа долго сидел перед картиной, но по его бесстрастному лицу трудно было угадать его чувства. Зная о завистливой натуре Льва X и его приближённых, Рафаэль сделал всё от него зависящее, чтобы картина скорее покинула Рим. Это была последняя возможность показать столичной публике рафаэлевский шедевр в течение трёх дней. Оказавшись в провинциальной Пьяченце, насчитывавшей не более пятнадцати тысяч жителей, «Сикстинская мадонна» в течение более двух с половиной веков пребывала в безвестности, покрываясь копотью от горящих свечей перед алтарным образом церкви Святого Сикста, пока в 1754 году монахи-бенедиктинцы не продали её саксонскому курфюрсту Августу III и она оказалась в его резиденции в Дрездене, где обрела постоянное местожительство. Но слава о «Сикстинской мадонне» разнеслась по всему свету благодаря снятым с неё гравюрам, которые пользовались большим спросом.
Первая и признанная самой удачной была гравюра Ф. Мюллера, появившаяся в 1815 году и вызвавшая в Европе всеобщее восхищение. Было ещё множество копий, но при всей их добротности и верности оригиналу не удалось передать волшебство притягательной силы рафаэлевского творения.
Долгое время считалось, что «Сикстинская мадонна» должна была висеть над надгробием Юлия II, чем объясняется появление Девы Марии из-за распахнутого занавеса. Это мнение подтверждалось также присутствием мученицы Варвары как пособницы людям в смертный час и папы Сикста II, признанного покровителя клана делла Ровере, чья эмблема жёлудя с дубовыми листьями присутствует в композиции. Высказывалось предположение, что в образе святого Сикста изображён папа Юлий II, с чем трудно согласиться, вспомнив блистательный портрет Юлия кисти Рафаэля, преисполненный сдержанной энергии и благородства мудрого политика, что не идёт ни в какое сравнение с дрожащим от волнения взлохмаченным стариком с прекрасно написанным профилем в момент наивысшего потрясения при виде Богоматери с Младенцем, что заставило его снять перед ней тиару.
Рафаэль лишил тему Богоявления её церковного налёта, выявив тем самым заключённый в ней глубоко гуманный смысл. В итальянской живописи тема Божественного явления получила широкое распространение. Показ таинственного и сверхъестественного был лишь поводом и данью традиции, зародившейся еще в римских катакомбах в годы гонения на христиан. Главное — это силой искусства вызывать глубокое потрясение самой картиной, раскрывающей сущность бытия, и порождать в душах чувства, близкие к катарсису.
«Сикстинская мадонна» — это самый возвышенный поэтический образ Мадонны в искусстве Возрождения, равно как и «Владимирская Богоматерь» в средневековом искусстве. Их отличие в том, что на византийской иконе Богородица смотрит на мир с печалью и немой укоризной, сознавая, на какие муки обречено её дитя, а Мадонна Рафаэля перед лицом грядущих испытаний внешне сохраняет спокойствие, нескрываемую радость материнства, но и решимость пройти жертвенный путь до конца.
На картине изображено мимолётное видение — тяжёлый занавес отдёрнут и перед зрителем предстаёт шествующая лёгкой поступью по облакам Мадонна с нежно прижатым к груди Младенцем в сопровождении святой Варвары и папы Сикста II. Но у Рафаэля она явилась людям не для того, чтобы призывать их к покорности и самоотречению в канун потрясших Европу религиозного фанатизма, нетерпимости и суеверия, чьи отголоски нашли отражение в некоторых поздних творениях Рафаэля. Он предчувствовал наступление мрачных сумерек и предпринял неимоверное усилие, чтобы выразить жизнеутверждающую гармонию добра, человеколюбия и подвести итог славному пути, пройденному им самим и его собратьями по искусству Возрождения.