В течение осени был написан многофигурный полиптих по заказу монахинь монастыря Святого Антония Падуанского, который позднее был расчленён и, словно в напоминание о трагических событиях, потрясших Перуджу, получил название «Алтарь Колонна». Его разрозненные доски осели в музеях Нью-Йорка и Лондона. Тогда же появился впечатляющий «Алтарь Ансидей» (Лондон, Национальная галерея) с Иоанном Крестителем и Николаем Мирликийским, излучающий мир и спокойствие, словно здесь не лилась кровь и не было трупов на улицах. Рафаэль написал также небольшую картину
Эти работы упрочили славу художника. Никто из живописцев в Перудже не решился бы помериться с ним силами, а её прославленный мастер и почётный гражданин в те дни находился во Флоренции. Слава за Рафаэлем ходила по пятам. Его узнавали на улицах, а приглашения на приёмы приходили чуть ли не каждый день. У него появилось немало друзей среди местной творческой молодёжи, которая тянулась к нему, заворожённая как его работами, так и самой его личностью. Молодой начинающий художник Доменико Альфани по прозвищу Менеко и чеканщик Чезаре Россетти, которого Рафаэль в письмах ласково называл Чезарино, были готовы пойти за ним хоть на край света, но в их привязанности к нему не было и тени корысти. Он также отвечал им дружбой и благожелательностью.
В тот период, отмеченный бурными событиями, Рафаэль сумел многое познать и доказать себе самому. Полученный опыт открывал перед ним новые горизонты. Он явно торопился и на всякий случай в новом договоре с монахинями монастыря Санта-Мария ди Монтелюче на написание алтарного образа также на тему «Коронация Девы Марии» при возникновении спорных вопросов указал в качестве возможного своего местонахождения Урбино, Читта ди Кастелло и Венецию. Ему давно хотелось побывать в славной столице Адриатики и познакомиться с венецианской школой живописи, а особенно с работами Джорджоне, о котором в последнее время много говорили. Однако в дневниках всезнающего венецианского летописца Марино Санудо-младшего, которому можно доверять, нет сведений о посещении Рафаэлем лагунного города, хотя имеется и другое мнение на сей счёт. Начатую им картину для монастыря Санта-Мария ди Монтелюче дописали позднее по его рисункам ученики — Джулио Романо и Джован Франческо Пенни.
Вскоре Рафаэлю пришлось покинуть гостеприимный дворец Одди, поскольку неожиданно донна Леандра по настоянию той же монахини Коломбы отправилась на богомолье во францисканский монастырь, расположенный у подножия горы Верна близ истоков Тибра. По-видимому, ясновидящая Коломба побывала на освящении картины «Коронация Девы Марии» в храме Сан-Франческо аль Прато и кое-что сумела там открыть для себя. При пылком расставании не обошлось без слёз раскаяния и клятвенных заверений в верности. Рыдая, безутешная Леандра то падала ниц перед Распятием, истово молясь, то вновь кидалась в объятия Рафаэля. Больше любовникам не суждено было свидеться.
Незадолго до отбытия на богомолье донна Леандра познакомила своего знаменитого постояльца с подругой по несчастью двоюродной тётей Аталантой Бальони, потерявшей во время резни единственного сына Грифонетто, названного так в честь любимого мужа Грифоне, который несколько лет назад также пал жертвой кровавой междоусобицы. Великое горе придало лицу донны Аталанты мужественную суровость и сокрытое очарование. У неё был придел в том же храме Сан-Франческо аль Прато, и ей хотелось увековечить память убиенных сына и мужа. Для Рафаэля желание матери было свято, и он пообещал подумать над её предложением.
После отъезда донны Леандры он без особого труда нашёл себе новое пристанище, так как приглашений из разных знатных домов было предостаточно. Но ему приглянулся скромный особнячок одной молоденькой вдовы местного лекаря неподалёку от популярного места прогулок перуджинцев, приходящих полюбоваться закатом со смотровой площадки, откуда с большой высоты и по сей день открывается великолепная панорама долины, окаймлённой скалистыми отрогами гор, вершины которых покрыты снежными шапками. К их крутым уступам прилепились селения, как орлиные гнёзда, а внизу в долине среди садов, виноградников и возделанных полей извиваются речушки, выплачивающие дань своими водами ненасытному Тибру, затопляющему во время таяния снегов в горах все посевы. Этот умбрийский пейзаж, пропитанный прозрачным воздухом, где, казалось, небо касалось земли, прочно запечатлелся в памяти Рафаэля. Он неизменно присутствует во многих его работах в качестве неотъемлемой части композиции, придавая особое очарование любой картине.