В самый разгар «дискуссии» вокруг системы ПРО, на сцене появился вездесущий В.Н. Челомей, находившийся в то время в фаворе у Хрущева. Потерпев неудачу с крылатыми ракетами на базе Фау-1, Челомей переключился на морскую тематику, занявшись противокорабельными крылатыми ракетами, но душа его желала большего. Особенно его привлекала самая модная в то время космическая тематика, где маячили награды, премии и высокие звания.
Челомей взялся проталкивать проект «Системы ИС» (истребитель спутников), который многие специалисты по ПРО считали абсурдным. Однако руководство Минрадиопрома держало нос по ветру, и всячески поддерживало Челомея. Генеральный конструктор Г. Кисунько отметил абсурд ситуации вокруг системы ПРО:
«Это был более чем странный спектакль, в котором главное действующее лицо не проронило ни слова, а только благосклонно выслушивало, очи долу скромно опустив, заранее обговоренные, а теперь якобы идущие от научнопартийного актива требования о возведении его в сан „сверхгениального“ над необъятным для любого смертного множеством разработок систем управляемого ракетного оружия: земля-воздух, воздух-воздух, воздух-море, берег-море, ПРО, противотанковые комплексы, космические системы (пока еще даже неясно какие).
В этой необъятности заключался величайший абсурд, независимо от того, кто бы ни выступал претендентом на роль „сверхгениального“ дилетанта. Во всяком случае лично я, как генеральный конструктор по тематике ПРО, не сказал бы, что мне хватает 24 часов в сутки на эту тематику, и тем более не смог выделить из них какую-то часть суток на другую тематику в качестве зама генерального конструктора КБ-1».
Челомей предложил свой проект системы ПРО территории страны — «Таран», — который, однако, был отклонен комиссией под председательством главнокомандующего войсками ПВО В.А. Судца. Предпочтение было отдано Кисунько.
Осенью 1961 года на Балхашском полигоне началась серия экспериментов под условным наименованием «Операция К»: испытание средств системы «А» в условиях подрыва ядерных зарядов в космосе. 27 октября были подорваны два заряда: один на высоте 300 км, второй — 150 км. Вторая серия подобных испытаний прошла через год, в октябре 1962 года, в самый разгар Карибского кризиса.
В 1962 году там же был произведен первый пуск противоракеты А-350, предназначенной для системы ПРО А-35. Однако в мае 1963 года строительство объектов системы ПРО А-35 было приостановлено — вездесущий Челомей при помощи интриг все-таки добился принятия постановления ЦК КПСС и Совмина «О разработке противоракетной обороны территории страны», которое поручало ему разработку системы ПРО «Таран».
Только после отставки Хрущева работы на всех объектах системы А-35 были возобновлены. Ввести ее в строй предполагалось к 50-летию Великой Октябрьской социалистической революции, т. е. к 7 ноября 1967 года. Работы же по проекту «Таран», наоборот, были прекращены.
В середине 60-х годов в Подмосковье началось строительство объектов системы противоракетной обороны «А-35» — стрельбовых комплексов «Тобол». Параллельно шла отработка ее основных элементов на полигоне Сары-Шаган.
Еще не была достроена система А-35, а в Кремле уже строили планы создания территориальной системы ПРО «Аврора» и второй очереди системы А-35 (стрельбового комплекса «Аргунь» и РЛС «Истра»). В НИИ-244 велась разработка еще одного проекта — системы ПРО «Заслон».
Распыление сил и средств на несколько проектов имело печальные последствия — срыв сроков создания системы ПРО А-35. Только в 1969 году начались летные испытания противоракеты А-350Р (5В61Р).
Командующий войсками ПРО и ПКО генерал Ю. Вотинцев позже вспоминал:
«Удачный эксперимент позволил уже в июне 1961 года завершить разработку и выпустить эскизный проект боевой системы ПРО „А-35“, предназначенной для защиты Москвы. В проекте предусматривалось, что система создается для уничтожения моноблочных баллистических ракет типа „Титан-2“, „Минитмен-2“, которые были приняты на вооружение армии США в 1963 и 1965 годах. В составе этой системы предполагалось иметь командный пункт, восемь РЛС, образующих круговое поле дальнего обнаружения, и 32 стрельбовых комплекса».
Первые реальные пуски противоракет были произведены 9 июня 1970 года, а на следующий год головной комплекс системы ПРО «А-35» приняли в опытную эксплуатацию. Особой радости это событие ни у военных, ни у партийных вождей не вызвало, поскольку возможности системы по перехвату баллистических ракет, оснащенных разделяющимися головными частями индивидуального наведения, были совершенно неудовлетворительными. Комплекс ПРО, на создание которого затратили огромные материальные и людские ресурсы, устарел еще до принятия на вооружение.