После отставки Хрущева ВСНХ был ликвидирован. Его функции были переданы Совету Министров и восстановленным отраслевым министерствам.
Устинов не входил в состав активных участников свержения Никиты Хрущева, но по своему «удельному весу» после «октябрьской революции 1964 года» был вправе рассчитывать на пост Председателя Совета Министров. Однако многие члены нового, брежневского Политбюро опасались волевых качеств Устинова и возможных последствий предоставления ему второго места в партийно-государственной иерархии. На пост Председателя Совета Министров был назначен Алексей Косыгин, который не участвовал в заговоре против Хрущева и был безопасен, ибо, занимаясь экономикой, не претендовал на политическое руководство. Устинову был предоставлен почетный пост секретаря ЦК КПСС по оборонным вопросам. Он был кандидатом в члены Политбюро, а министр обороны Малиновский был членом Политбюро. Председателем Совета Обороны был Генеральный секретарь ЦК КПСС Брежнев. Министры всех отраслей промышленности подчинялись Совету Министров. При такой расстановке сил в высших эшелонах власти Анастас Микоян, Николай Подгорный, Андрей Кириленко и другие члены Политбюро могли чувствовать себя более уверенно.
Оказавшись на посту секретаря ЦК КПСС по оборонным вопросам, Устинов фактически не вмешивался в дела Министерства обороны. Министр обороны и начальник Генштаба предпочитали иметь дело непосредственно с Брежневым. Всю свою энергию Устинов направил на оборонную промышленность, все отрасли которой он хорошо знал. Между ним и министрами находился председатель ВПК Леонид Смирнов — его, Устинова, выдвиженец.
Активная поддержка, которую Устинов оказал Хрущеву по развитию техники ракетных вооружений в ущерб надводным кораблям морского флота и бомбардировочной авиации, не была забыта руководителями судостроительной и авиационной промышленности. Устинову надо было находить новые формы работы с промышленностью. Формально он не мог ни приказать, ни запретить, ни разрешить. Однако ЦК есть ЦК. Это понимали все министры. Личные судьбы самого министра, его заместителей, начальников главных управлений, директоров крупнейших предприятий решались аппаратом ЦК, его оборонным отделом. Заведующий отделом оборонной промышленности Иван Сербин теперь формально входил в подчинение Устинова. Однако этого «непотопляемого» деятеля аппарата ЦК побаивались больше, чем самого Устинова. Аппарат ЦК не готовил никаких постановлений и решений по оборонной промышленности. Это делала ВПК и аппарат Совета Министров. Но ни одно постановление правительства не выходило без тщательного просмотра и благословения аппарата ЦК.
После смерти Королева мы своим письмо в ЦК о назначении Мишина главным конструктором помешали Устинову поставить на эту должность Тюлина. Он, Устинов, все подготовил, надо было только получить подписи других секретарей ЦК и доложить Брежневу. Наше обращение было неожиданным ударом по установившейся системе назначения руководителей. Мы с Устиновым даже не посоветовались и не предупредили его. Может быть, и по этой причине, а возможно, и в силу других обстоятельств у него первые года полтора «руки не доходили» до Н1.
Один за другим появлялись доклады разведки и открытые листы — «белый ТАСС», сообщавшие об американских успехах.
В августе 1966 года открытая американская печать сообщила об успешном полете «Сатурна-1B» с экспериментальным образцом основного блока «Аполлона». Устинов обратился непосредственно к министру MOM Афанасьеву и президенту АН СССР Келдышу с предложением провести ревизию состояния дел по «Луне», выяснить причины нашего отставания от американцев и срыва сроков, оговоренных постановлениями ЦК КПСС и Совета Министров. Устинов поручил начальнику ЦНИИМаша Юрию Мозжорину подготовить обстоятельный и объективный доклад.
В декабре 1966 года Мишин был в отпуске. Обязанности главного конструктора ЦКБЭМ исполнял Сергей Охапкин. Для него было неприятной неожиданностью приглашение на совещание в ЦК к Устинову с докладом о ходе работ по Н1. Он попросил Бушуева, Крюкова и меня снабдить его всеми необходимыми справками для доклада.
Я посоветовал Охапкину через министра или непосредственно самому уговорить Устинова отложить это совещание до выхода Мишина из отпуска. Он ответил:
— Я это уже пытался сделать. Мне намекнули, что, наоборот, Устинов хочет провести разговор в отсутствие Мишина.
Состояние дел по отработке конструкции ракеты-носителя Охапкин знал лучше других. Но что творится с кораблями и их системами, он представлял только как «полный провал».
Я порекомендовал:
— Нельзя говорить «полный провал», надо сказать, что по вине смежников работы по кораблям «под угрозой срыва».
От нашего ЦКБЭМ на совещание был приглашен только Охапкин. Из других главных были приглашены Пилюгин и Бармин, которые пользовались особым расположением Устинова. В совещании участвовали Келдыш, Смирнов, Афанасьев, Тюлин, Сербин, Строгонов и Пашков.