Поздно вечером 17 августа 1943 года немцы узнали о концентрации крупных сил английской бомбардировочной авиации над Балтийским морем. Их приближение заставило предположить, что англичане решили провести массированный налет на Берлин, и потому ПВО Берлина была поднята по тревоге. Но над островом Рюген английские самолеты, вместо того чтобы повернуть на юг в направлении Берлина, изменили курс на юго-восток. Этой ночью Пенемюнде подверглось налету более 300 тяжелых бомбардировщиков, сбросивших свыше 1500 т фугасных и огромное количество зажигательных бомб.
Целями бомбардировки были испытательные стенды, производственные цехи и поселок на острове Узедом. Испытательная станция «Пенемюнде-Запад» бомбардировке не подверглась, весь удар пришелся по району гавани с электростанцией и заводом по производству жидкого кислорода. Потери в людях составили 735 человек; среди них погибли доктор Вальтер Тиль, руководивший разработкой двигателей, и главный инженер Вальтер. Сооружениям также был нанесен значительный ущерб. Однако Пенемюнде продолжало работать над снарядами «Фау-1» и «Фау-2», приближая день их запуска в производство. Производство же ракет «Фау-2» осуществлялось не только в Пенемюнде, но и на подземном заводе в Нидерзаксверфене поблизости от Нордхаузена, в горах Гарца.
После того как ракеты стали производиться в массовом числе, возникла проблема обучения солдат обращению с ними. Выбор места для учебного ракетного полигона был поручен Гиммлеру. Выбор пал на польский артиллерийский полигон около Близны, в 30 км к югу от Милека (Краковское воеводство). В качестве района мишеней было решено использовать Пинские болота, расположенные в 320 км к северо-востоку от Близны. Наблюдение за падением ракет осуществлялось с пункта, в который ракеты наводились; при этом предполагалось, что согласно закону рассеивания ракеты будут падать достаточно близко от этого пункта, но не попадут в него. Обычно они падали на расстоянии 1,6—5,0 км от наблюдательного пункта.
Первое время ракеты «Фау-2» вели себя плохо; многие из них разрушались или взрывались еще на активном участке траектории, а добрая половина распадалась на части перед самым падением на цель, на высоте около 1,5 км. В связи с этим фон Брауном была начата работа по составлению таблицы стрельбы, превратившаяся в самостоятельный исследовательский проект, целью которого было отыскание слабых мест в ракете. Было установлено, что при разрушении ракеты в полете остающееся в баках топливо взрывается, но невозможно было определить, являлся ли этот взрыв непосредственной причиной разваливания ракеты на части или он был обусловлен ее разрушением. По настоянию фон Брауна было запущено несколько ракет с увеличенным количеством кислорода, которое обеспечило бы полное выгорание всего спирта, находящегося в топливном баке. Оказалось, что процент разрушения ракет в воздухе и после этого продолжает оставаться неизменным; следовательно, взрыв топлива в баке не был причиной разваливания ракеты. В конце концов после плотного заполнения пространства между баками и обшивкой стекловолокном и после усиления отсека, прилегающего к боевой головке, число разрушавшихся ракет было уменьшено до минимума. Производство ракет можно было продолжить.