Главной целью Маркиона был полный разрыв с иудаизмом, очищение христианского учения от отголосков иудаизма и от апокалипсических настроений первых христиан, ждавших конца света и наступления царства божия на земле. Поражение восстания 132-135 гг. было для него поражением иудеохристианства. Маркион, по-видимому, впервые выдвинул идею необходимости отбора «священных» книг — именно для того, чтобы изгнать из христианства неугодные ему идеи и чтобы сплотить все христианские группировки. Он создал собственное евангелие (на основе Евангелия от Луки) и распространял отредактированные им десять посланий Павла. Он написал также сочинение «Антитезы», в котором обосновал сущность своего учения и оправдывал свое произвольное обращение с уже созданными «священными» книгами тем, что они были искажены, а он возродил подлинный, боговдохновенный текст. В частности, он утверждал, что Евангелие от Луки подверглось обработке со стороны защитников иудейства, которые вставили туда цитаты из своих «священных» книг. Это утверждение Маркиона, как и его собственная редакторская деятельность, между прочим, еще раз доказывает, что различные переделки, вставки, изменения в христианских сочинениях были достаточно распространены во II в. Недаром Цельс упрекал христиан в том, что они по многу раз переделывали свои «священные» книги, а Лукиан называл бродячего философа-киника Перегрина автором многих христианских книг.
Писания Маркиона до нас не дошли (впоследствии церковь не признала их), но содержание его учения и евангелие можно восстановить на основании цитат, которые приведены в произведениях его противников. В маркионовском варианте Евангелия от Луки отсутствовали легенды о рождении Иисуса и Иоанна Крестителя. Его Иисус не был сыном Марии, выросшим в доме плотника Иосифа. Он прямо сошел с небес в пятнадцатый год правления Тиберия, появился в Капернауме и выступил с проповедью сначала в синагоге этого города, а затем Назарете. Маркион, таким образом, отрицал человеческую природу Иисуса. В этом вопросе его взгляды были близки группе докетов, которые считали земное существование Иисуса только кажущимся. Никаких мучений Иисус — воплощенный логос — претерпеть не мог. Маркиону был чужд образ Иисуса, созданный первыми христианами, того Иисуса, который «из-за слабых был слаб, из-за голодных голодал, из-за жаждущих испытывал жажду», как сказано в одном из ранних апокрифических сочинений. Маркион выступил против признания иудейской Библии (Ветхого завета). Если Иисус — посланник божий, то уж во всяком случае не иудейского бога Яхве, которого Маркион объявил носителем злого начала. Ириней писал о Маркионе: «Он бесстыдным образом богохульствует против проповеданного законом и пророками бога, говоря, что он — виновник зла, жаждет войны, непостоянен в своих намерениях и сам себе противоречит. Иисус же происходил от того отца, который выше бога, творца мира…» («Против ересей», 1:27, 2).
В соответствии с гностическим подходом к миру Маркион считал невозможным, чтобы этот мир был создан благим богом. По его учению, истинное божество — абсолютное благо — никакого отношения к миру не имело. В известной степени он пошел дальше многих гностиков. Последние говорили о том, что в человеке есть «блестки» божественного света, которые он может открыть в себе. Маркион же утверждал, что абсолютное божество не имеет никакой связи с людьми: они полностью чужды ему. Миссия Иисуса — спасти этих чуждых божеству людей. Христос выкупил их своей кровью, а купить можно только то, что тебе не принадлежит, рассуждал Маркион.
В этих рассуждениях он использовал отдельные места из посланий Павла. В послании к галатам сказано, например: «Христос искупил нас от клятвы закона» (3:13; в греческом подлиннике на месте «искупил» стоит глагол «выкупил»); в другом месте того же послания вместо «возлюбившего меня» Маркион переводил «выкупившего меня», исправляя текст в соответствии со своим учением (2:20); в греческом языке два эти слова различаются лишь двумя буквами. «Выкуп» людей из мира, передача их истинному божеству были следствием благости этого неизвестного бога, спасшего даже полностью чуждые ему существа. При такой интерпретации миссии Христа в учении Маркиона ни страшному суду, ни царству божию не было места. По словам Иринея, Маркион внушал своим последователям, что он «достойнее доверия, чем апостолы, передавшие евангелия». В соответствии с полным отрицанием мира и божественного начала в человеке Маркион проповедовал крайний аскетизм: он не только выступал против повторных браков (как большинство членов христианских общин), но ратовал за безбрачие, притом не ради «спасения души» отдельного человека, а чтобы не воспроизводить род человеческий в этом мире, чтобы «освободить» «выкупленные» души от связи с миром.