Кумраниты требовали от всех членов общины строжайшего соблюдения организационных и вероучительных установлений. За любое нарушение полагались наказания: сокращение пищевого рациона, временное отлучение, изгнание из общины. Общаться с изгнанными также строжайше запрещалось: если такое общение произошло у какого-либо члена общины случайно, он не мог участвовать в общих советах; если сознательно — изгонялся навсегда. Изгнанием наказывалось недовольство организационными основами общины, отход от вероучения. Если человек, «дух которого дрогнул», раскаивался, то он все равно нес наказание, но более мягкое: отлучение на один год и ущемление в правах на второй (так, во время трапез он обязан был сидеть позади всех членов общины). Таким образом, ясно видно, что для поддержания своей замкнутости и исключительности общине приходилось прибегать к жестким дисциплинарным мерам. Осуществление внутри общины принципа примитивного равенства могло происходить только в полной изоляции от окружающего мира, где люди были разделены на рабов и свободных, на богатых и бедных, на людей, стоящих у власти, и подчиненных им; от мира, где многочисленные проповедники провозглашали единственно истинным каждый свое учение, где люди разных народностей и разных убеждений непрерывно смешивались и разделялись. Однако, чтобы осуществить такую изоляцию, к которой стремились основатели кумранской общины, недостаточно было удалиться в пустыню. Нужно было подавить в ее членах приверженность старым традициям, изменить их социальную и индивидуальную психологию. Разработанная система наказаний показывает, как нелегок был этот процесс.
Люди, недовольные своей жизнью, не видящие выхода, шли к кумранитам. Римский писатель Плиний Старший сообщал об ессеях (разновидностью которых и была кумранская община): «Изо дня в день число их увеличивается благодаря появлению массы утомленных жизнью пришельцев, которых волны фортуны влекут к обычаям ессеев»
Правда, не все ессейские общины, в том числе и близкие к кумранской, были столь же изолированы. Среди рукописей, обнаруженных в Кумране, имеется так называемый Дамасский документ, судя по которому условия жизни других сектантов ессейского толка отличались от условий жизни кумранской общины. Члены секты, чья организация отражена в Дамасском документе, не обобществляли свое имущество, у них было индивидуальное хозяйство, а у некоторых и рабы (в Дамасском документе сказано: «Пусть никто не принуждает раба своего, и рабыню свою, и наемника своего работать в субботу»). В секте, жившей по этим правилам, был общий фонд, созданный из отчислений двухдневного заработка, средства из которого раздавались беднякам, сиротам, старикам, а также предназначались для людей, находящихся «в плену у чужого народа». Но наряду с различиями между двумя группами были и черты сходства: сектанты Дамасского документа тоже выступали против фарисеев, их община также называлась «Новым союзом»; в учении, как и в учении кумранитов, прослеживается дуализм. Членам общины предписывалось не продавать ничего «из своего тока и из своей давильни» иноплеменникам. Как и у кумранитов, у членов этой общины был испытательный срок для желающих вступить в нее, своя система наказаний (в частности, запрещение вести какие бы то ни было хозяйственные дела с человеком, временно удаленным или совсем исключенным из общины за провинность). По мнению И. Д. Амусина, устав кумранской общины и Дамасский документ отражают различные сосуществовавшие локальные группы, отличавшиеся по своим организационным принципам, но близкие друг к другу по идеологии. Кумранская община была сообществом отшельников, пытавшихся осуществить своего рода идеал; Дамасский документ отражает организацию людей, живущих в обычных условиях.