Уже со времени «Канона Муратори» среди христианских писаний выделяются три группы — подлинные, сомнительные (спорные) и тайные (подложные). Такое деление встречается и у Оригена. Он ссылается на ряд писаний второй группы, например на Евангелие евреев или Деяния Павла, и замечает, что с этими произведениями можно считаться, хотя их не следует ставить в один ряд с четырьмя евангелиями. По словам автора церковной истории Евсевия, Ориген сомневался в авторстве новозаветного послания к евреям: по мнению Оригена, это послание пересказывает апостольские поучения, но подлинный автор его неизвестен. Сам Евсевий считал спорными Послания Иакова, Иуды, Второе послание Петра, Второе и Третье послания Иоанна. К подложным он относил ряд писаний, в том числе Апокалипсис Петра, и с оговоркой («если кто считает возможным») — Апокалипсис Иоанна и Евангелие евреев. При такой неопределенности оценок отдельные епископы иногда были вынуждены сами решать, что можно и что нельзя читать их пастве. Известно, например, что епископ Серапион (ок. 200 г.) сначала разрешил сирийским христианам пользоваться распространенным у них Евангелием Петра, а затем, познакомившись ближе с его содержанием, решил запретить.
В III в. в Риме был составлен список новозаветных писаний, несколько сокращенный по сравнению с «Каноном Муратори». Другой канон III в., Александрийский, был значительно шире римского: кроме основных произведений Нового завета туда были включены Учение двенадцати апостолов (Дидахе), «Пастырь» Гермы, Апокалипсис Петра, послания, написанные Климентом и Варнавой (по христианскому преданию — учениками апостолов). В Антиохии продолжали чтить «Диатессарон». Свой набор «священных писаний» был у христиан-гностиков, у иудеохристиан (т. е. христиан, не порвавших с иудаизмом).
Перелом в составлении канона произошел в IV в. В 313 г. римские императоры Константин и Лициний издали предписание — так называемый Миланский эдикт, согласно которому христиане получали разрешение свободно отправлять свой культ. Христианские общины получили также право владеть землей; отобранное у них во время гонений имущество возвращалось им. Начался процесс превращения христианства в государственную религию. Руководители христианской церкви получили наконец возможность использовать всю мощь государственного аппарата империи для внедрения одной определенной доктрины и для гонения не только (или даже не столько) на язычников, но и на те христианские учения, которые они считали еретическими. Императорам в свою очередь нужна была единая церковь с единым учением, единым централизованным руководством, которое соответствовало бы централизованному управлению империей. Чтобы разобраться в междоусобной борьбе христиан, император Константин (306-337 гг.) потребовал, чтобы епископы представили ему копии «священных» книг. Начались длительные совещания, епископы созывали съезды (соборы), обменивались посланиями, чтобы точно установить канон. Только в 363 г., уже после смерти императора Константина, на соборе в Лаодикее было принято решение разослать по христианским общинам письма с перечнем канонических произведений.
В Лаодикейский канон вошли все произведения, которые позднее были включены в Новый завет, кроме Откровения Иоанна. В 367 г. в письме епископа Афанасия были названы уже все 27 произведений Нового завета. Спорными остались Дидахе и «Пастырь» Гермы. Но этот список не был окончательным: христиане Сирии и в IV в. не признавали Откровения Иоанна; египетские (коптские) христиане совсем не приняли ортодоксального учения (у них были свои «священные» книги).