Для того, чтобы исключить нежелательные последствия обдува хвостового оперения реактивными струями от двигателей, на шести самолетах УР6М-1 были радикально переделаны гондолы двигателей – их разместили под углом к диаметральной плоскости, полностью исключив киль и стабилизатор из поля скоростей реактивных струй, аналогично английским самолетам с похожей компоновкой силовой установки – «Комета» и «Виктор». На Р6М-2 эта конструкция мотогондол должна была быть повторена. Кроме того, воздухозаборники были перенесены от передней кромки крыла на его верхнюю поверхность для того, чтобы обеспечить дополнительную защиту от брызг.
Для снабжения «летающих лодок» в море в конце 1955 года ВМС США переоборудовали подводную лодку «Гьюэвина» класса «Тэнч» в плавбазу гидроавиации. «Гьюэвина» участвовала в нескольких маневрах в 1956-1958 годах и вполне успешно дозаправляла и снабжала патрульные «Маринеры». Если бы «Си Мастер» был принят на вооружение, он бы также активно работал в паре с подводными лодками. Единственной проблемой при этом была бы замена двигателей и подвеска вооружения, так как на подводной лодке не было соответствующего оборудования.
Полноценной плавбазой для «Си Мастеров» должен был стать старый (1940 года постройки) авиатендер «Эл-
бемарл», выведенный из резерва и основательно модернизированный в 1956-1957 годах. Корабль снабдили усовершенствованной кормовой рампой – пандусом и всем необходимым для ремонта гидросамолетов в море, в том числе специально спроектированной стабилизированной штангой, к которой можно было швартовать обслуживаемый самолет даже в сильное волнение без риска разбить его о борт плавбазы. В объемистых складах и хранилищах 163- метрового корабля должны были разместиться запчасти, двигатели, топливо и вооружение для «Хозяев моря». Интенсивная служба «Элбемарла» должна была начаться в 1959 году.
Программа «Си Мастера» получила сокрушительный удар в конце 1956 года, когда от бафтинга хвостового оперения в воздухе разрушился второй ХР6М-1. Интерес ВМС США к новой «летающей лодке» начал сходить на нет. В начале 1957 г. заказ на «Си Мастеры» был урезан с 24 до 18 машин.
Фирма «Мартин» начала испытывать сильнейшие финансовые затруднения, так как производство самолетов «Марлин» заканчивалось, а больше в портфеле заказов не предвиделось. Бросив последние средства на доработку предсерийных YP6M-1, фирма к концу 1957 года довела до летной кондиции один самолет. 20 января 1958 года модернизированный «Си Мастер» с сильно видоизмененным обтекателем узла перестановки горизонтального оперения и переделанными мотогондолами после серии рулежек и подлетов в Чесапикском заливе поднялся в воздух. Проблем с бафтингом хвостового оперения больше не возникало. Успех летных испытаний, к которым в течение 1958 года подключились еще две предсерийные машины, позволял взглянуть в будущее с оптимизмом. Остальные пять предсерийных машин, находившиеся в сборочном цехе завода «Мартин» в городе Балтимор, имели высокую степень готовности, и их предполагалось модернизировать в серийные Р6М-2 путем установки двигателей «Пратт-Уитни», недостающего бортового оборудования, штанг приемки топлива в полете и оборонительного вооружения, которое на предсерийных «Си Мастерах» не монтировалось.
Фирма «Флайт Рефыоэллинг», специализировавшаяся на оборудовании для дозаправки топливом в полете, спроектировала для «Си Мастера» систему «шланг -конус», которая позволила бы использовать самолет в качестве летающего танкера. Но этим планам уже не суждено было сбыться: в середине 1959 года ВМС США коренным образом пересмотрели свое отношение к доктрине применения «Си Мастера», решив, что существующие палубные самолеты и вертолеты справятся с задачами охоты на подводные лодки фоторазведкой и минными постановками гораздо лучше, чем гидроплан, штормующий-бедующий в открытом океане по нескольку месяцев. В этом была определенная логика: «летающая лодка», хоть и большая, все же не корабль, она недостаточно мореходна для океана, да и психологическая и физическая нагрузка на экипаж «Си Мастера», вынужденный несколько дней, а то и десятков дней проводить в тесноте фюзеляжа, была бы чрезмерной. Исходя из этого ВМС приняли решение отказаться от программы «Си Мастера» и аннулировали заказ. После этого все сохранившиеся машины были отправлены под пресс, несмотря на просьбы руководства фирмы «Мартин» о сохранении хотя бы одного экземпляра этой, безусловно, незаурядной и технически доведенной до совершенства машины.