Был он и добрее и справедливее их. «Спор между Феодором и Аввакумом по нескольким догматическим вопросам возник впервые еще до Пустозерской казни. <14.4.1670…> Но он вскоре утих. <…> После 1670 г. спор возобновился и разросся. <…> При этом Феодор <…> отстаивал абсолютно правильную православную точку зрения. <…> Феодор был более искушен в отвлеченном богословии. Сознание собственной правоты укрепляло его даже тогда, когда он оказался один против троих. <То есть своих соузников;… Объяснить причины спора> могли бы книги Феодора, посвященные вопросам спора. Но они уничтожены по наущению Аввакума. <…> Вспомним рассказ Феодора: "По сем же некогда в полночь выходил аз из ямы вон окном, яко же и он Аввакум, в тын, и их посещал и прочих братию вне ограды. И то хожение мое нелюбо ему (Аввакуму) стало: и сотнику сказал он. Сотник же, андрей именем, враг бысть, мздоимец, и на мя гнев имел за некое обличение. И в то время велел меня ухватить стрельцом в тыну, нага суща. И яша мя, и начаша бити зело… А стрельцы, влезше в мою темницу, по благословению Протопопову, и те книжицы и выписки мои похитиша, и ему продаша". <…> К чести Феодора он и в споре находил слова добра для своих оппонентов: "Подвижники они и страстотерпцы великия от никониян за церковныя законы святых отец, доблественне, и терпение их и скорби всякия многолетныя больше первых мучеников мнится ми воистину. За та же вся и аз с ними стражду и умираю купно". Аввакум для дьякона таких слов не нашел. <…> Как только ни бранил его Аввакум, и "щенком", и "косой собакой", и "бешеным дитяткой", отлучал Феодора от своего благословения. <…> Спор начался с того, что толкование Феодором догмата о Троице было основано на признании опечаток или описок в книгах до-никоновского выхода» [47, с. 252–253], с чем Аввакум не соглашался. Впрочем, здесь нужно немного поосторожничать. Имели место «многолетние споры самих старообрядцев о подлинности или подложности ряда пустозерских сочинений, в особенности из числа приписываемых обычно перу протопопа Аввакума. Значительное число так называемых "ложных догматических писем Аввакума" появилось в стране уже в 80-90-х гг. XVII в. <…> Это произошло вследствие использования старообрядцами пустозерского писательского архива, привезенного вдовой казненного попа Лазаря — Домницей — на Керженец. Из-за этих "Аввакумовых писем" в керженских скитах в конце XVII — начале XVIII в. разгорелись многолетние споры и распри. К сожалению, пустозерский писательский архив не сохранился. Однако появление в старообрядческой письменности документов из этого архива сильно усложнило положение с атрибуцией Аввакуму и другим пустозерским писателям ряда приписываемых им сочинений. <…Поэтому> вызывают сомнение некоторые аспекты богословской полемики, происходившей в Пустозерске между протопопом Аввакумом и дьяконом Федором. <…> Многие сочинения пустозерских узников, и в особенности протопопа Аввакума и дьякона Федора нуждаются в тщательной археографической и источниковедческой "экспертизе" с целью выяснения не только их подлинности и действительной принадлежности названным авторам, но и установления их "общественного статуса", связанного с проявлением "авторской воли"» [60, с. 237–239]. Не могу не назвать дьякона Федора святым вдвойне и мучеником вдвойне; его мучили и новообрядцы, и свои же сострадальцы — соузники, не поддерживал же ни один человек на земле. Аввакум не только «велел» стрельцам отбирать от Федора книги (купил их и уничтожил) и бить его, но и «в весеннее половодье научил стрельца просечь борозду к уже затопленной избе Федора, "да паче притекает сверху вода»" [6, Феодор Иванов]. Кротость Федора, терпение, убежденность в правоте своего дела и любовь к своим сострадальцам-мучителям не могут выразить человеческие слова.
3.3.1669 умерла царица Мария Ильинична Милославская, через 2 дня — ее новорожденная дочь, в том же году умерли царевичи Симеон и Алексей Алексеевичи, а 2.1.1670 умер Неронов. После этих смертей репрессии против старообрядцев усилились по всей России; к этому усилению репрессий можно отнести и Пустозерскую казнь 14.4.1670, когда решение об этом усилении дошло туда из Москвы. В этот день Лазарю, Федору и Епифанию вторично резали языки и рубили правые руки; Епифанию отсекли 4 перста, Федору — руку «поперег ладони». Аввакума было приказано держать в одиночной тюрьме на хлебе и воде «вместо смертной казни».
«В марте <того же года> на Мезени <, куда приказы из Москвы приходили быстрее, чем в Пустозерск,> были повешены ученики Аввакума Федор юродивый и Лука Лаврентьевич. Сыновья Аввакума Иван и Прокопий были приговорены к той же казни, но "повинились", и были вместе с матерью посажены в земляную тюрьму» [63, ч. 1, с. 20].