Ракету 5Я27 предполагалось использовать как против баллистических целей, так и против самолетов. Система перешла в разряд универсальных и стала противоракетно-противосамолетной. Тем самым разработчики застраховались: в случае провала противоракетного направления система оставалась жизнеспособной, так как противосамолетное направление имело шансы на успех.
В 1965 году коллектив КБ-1 приступил к разработке. Постановлением правительства было задано создание двух опытных образцов в 1967 году. При этом была утверждена широкая кооперация заводов-изготовителей. Срок изготовления был установлен чрезвычайно жесткий — 1967 год, а предъявление на совместные испытания — середина 1969 года.
Столь короткие сроки в силу ряда обстоятельств заводами выдержаны не были, и в результате изготовление первого опытного образца растянулось до конца 1969 года.
Во второй половине 1960-х годов в результате интенсивных работ по системам ПРО как у нас в стране, так и в США, в качестве контрмеры в состав баллистических ракет наряду с боевыми элементами начали включать ложные цели. В то время это были легкие цели, как правило надувные, которые после отделения от последней ступени ракеты-носителя создавали вокруг боеголовки до 10–12 отражателей, идентичных для радиолокаторов головным частям. Ложные цели затеняли боевой элемент и тем самым затрудняли его перехват. При этом для наблюдения за такого рода целями требовался более широкий сектор обзора, чем для сопровождения парных целей (головная часть — ГЧ и корпус). Правда, легкие ложные цели существовали только в космосе, а при снижении до высоты 90–80 километров они сгорали. Но после этого оставалось очень мало времени для осуществления перехвата боеголовки. Такое положение дел заставило создателей систем ПРО искать новые технические решения. Разработчиками было предложено увеличить сектор наблюдения РЛС с 4x5 до 20x20 градусов и приступить к созданию высокоскоростной противоракеты, которая успевала бы перехватить боеголовку после атмосферной селекции от ложных целей.
В КБ-1 была разработана передающая антенна в виде ФАР, которая позволяла отклонять передающий луч в секторе 20x20 градусов. Было решено изготовить такую антенну и установить ее на втором опытном образце системы. Срок изготовления второго образца — 1971 год.
Проект новой высокоскоростной противоракеты был выполнен в двух организациях: МКБ «Факел» и КБ «Новатор», главный конструктор Л. В. Люльев.
Был выбран вариант, предложенный КБ «Новатор». Эта ПР получила наименование ПРС-1. Ракета представляла собой конус без аэродинамических несущих и управляющих элементов. В двигателе использовался быстрогорящий порох. За 4 секунды работы двигателя ракета разгонялась до максимальной скорости. При этом осевые перегрузки достигали 300 единиц, а температура обшивки поднималась до 2000 градусов. Все это требовало новых технических решений при создании бортовой аппаратуры, которая должна быть малогабаритной и высокопрочной. Необходимо было создать органы газодинамического управления и стабилизации, а также средства защиты корпуса от высоких температур.
Бортовая аппаратура разрабатывалась в КБ-1: автопилот — коллективом П. М. Кириллова, радиоаппаратура — коллективом под руководством В. И. Толстикова и В. И. Долгих. Все остальное, кроме боевой части и двигателя, — в КБ «Новатор» под руководством Л. В. Люльева. Двигательная установка создавалась в КБ Пермского завода под руководством Козлова, а спецзаряд — в НИИРЭФ С. Г. Кочарянцем.
5 ноября 1965 года постановлением ЦК КПСС и Совмина СССР было задано строительство двух опытных образцов стрельбового комплекса системы С-225 на Балхашском полигоне.
Пока шло проектирование, работы по первому опытному образцу велись без снижения темпа. Быстрое его развертывание на полигоне позволяло отрабатывать аппаратуру, корректировать документацию, а главное — отрабатывать программы управления.
Следует отметить, что в системе «Азов» управление всеми функциями РСН, включая функциональный контроль, отработку внешнего целеуказания, обнаружение и сопровождение целей, сопровождение ПР, выработку и передачу на борт команд наведения осуществлялось автоматически из центрального вычислительного комплекса (ЦБК) большой производительности. При этом специфика программ ЦБК заключалась в том, что они создавались в реальном масштабе времени и поэтому не могли быть использованы универсальные языки программирования. Создание программ велось на машиноориентированном языке, позволяющем экономить производительность ЭВМ. Такие программы могли быть созданы только программистами высочайшей квалификации во взаимодействии с реальной аппаратурой.