Царь в замешательстве. Не разделяя мистической страсти жены, он, глубоко религиозный человек, искренне верит, что идеи и пророчества Распутина продиктованы Богом. Больше того, после столь быстрого излечения Алексея он больше не сомневается в исключительном таланте целителя. Почему же тогда не воспользоваться его услугами? Обеспокоенный слухами, которые распространяются по Санкт-Петербургу и в глубинке об этом загадочном ясновидце, Николай II хочет побольше узнать о нем. Он поручает генералу Диедулину, коменданту дворца, и его помощнику полковнику Дрентельну подвергнуть Распутина допросу пристрастному, но учтивому и потом доложить свое мнение. Оба следователя приступили к делу скрупулезно и тщательно. Они допросили его. Вскоре у них уже кое-что было. Диедулин докладывает царю, что во время их разговора со старцем сложилось впечатление, что он мужик хитрый и фальшивый, который использует способность к внушению для того, чтобы одурачивать окружающих. Чтобы расширить расследование, Диедулин, без ведома Николая II, требует от генерала Герасимова, шефа Первого отделения следить за Распутиным в Санкт-Петербурге и собрать сведения в Покровском. Отчеты секретных агентов, присланные с мест, были прямолинейны: в них говорилось о самозванце, лжепроповеднике, не умеющим сдерживать свои половые инстинкты. Он развращал девушек и семейных женщин и у себя в деревне, и в Санкт-Петербурге, посещал общественные бани с лицами сомнительной репутации. Блаженный на словах, в реальной жизни — похотливый козел. Герасимов дает отчет о работе своему непосредственному начальнику — министру внутренних дел Столыпину. Ошеломленный откровениями, Столыпин спешит в Царское Село открыть глаза Николаю II на истинную суть блаженного старца Григория. Смутившись, но быстро овладев собой, царь не захотел ничего слушать и резко произнес: «Можем ли мы с императрицей поддерживать личные отношения с теми, кто нам нравится?» Разговор окончен, Столыпин как ошпаренный удаляется. Не желая признать своего поражения, Герасимов усиливает полицейское наблюдение за старцем, открывает все новые подробности его разнузданной жизни и подговаривает Столыпина выслать осточертевшего Распутина в Сибирь. Отдан приказ арестовать Григория на вокзале в Санкт-Петербурге, когда он как раз будет возвращаться из Царского Села. Но как у Герасимова, так и у Распутина есть свои осведомители. Не став дожидаться, когда ему наденут наручники, он опережает события и по собственному почину уезжает в Покровское.
Притихнув, он ждет, когда уймется буря. Чтобы не скучать, он живет «как в городе», украшает стены фотографиями, запечатлевшими его с самыми известными лицами в государстве. По счастью, кажется, о его шалостях наверху скоро забыли. Видимо, царь отдал приказ полиции прекратить слежку. Столыпин, искренне советовавший Его Величеству не принимать старца, чувствует, что доверие к нему государя сильно пошатнулось. Встречи стали редкими и официальными, повеяло холодом.
Надев овечью шкуру, Распутин в начале 1909 года возвращается в Санкт-Петербург, просит аудиенции у Столыпина и жалуется ему на вредных следователей, «его — которого не в чем упрекнуть, оклеветали, вылили столько грязи на его честное и непорочное отношение к церкви и царской семье…». Заботясь, чтобы не вызвать недовольства царя, Столыпин подает рапорт «ни то, ни се» и временно закрывает дело.
Вновь на коне, Распутин решает использовать старые связи с духовенством и в связи с недавней смертью отца Иоана Кронштадтского принять более активное участие в религиозных делах страны. В первом ряду избранных им союзников иеромонах Илиодор. Обосновавшись в Царицыне, тот совершает нападки на правительство, местную власть и дворянство, которые, по его мнению, из-за своей исключительной неразборчивости заигрывают с евреями, франкмасонами и революционерами всех мастей. В наказание за злой язык Священный Синод переводит Илиодора в Минск, где любителей послушать его резко поубавится. Этого достаточно, чтобы Распутин бросился на его защиту. В «братском» возмущении он дошел до Николая II с жалобами на оголтелую свору. Встретив Илиодора у Анны Вырубовой, царь разрешает ему вернуться в Царицын, откуда его изгнало высшее духовенство.