Не без тревоги ждал я на вокзале в условленный час епископа Гермогена. Если бы он не сдержал своего обещания и не приехал на вокзал, то мое поручение пришлось бы выполнять с применением насилия, что было бы для меня в высшей степени неприятно. К моему облегчению, епископ Гермоген свое обещание выполнил. Я его встретил на вокзале и провел к вагону полковника Соловьева. Когда Гермоген вошел в вагон и увидел там Соловьева и сопровождавших его жандармов, то он пришел в ярость и начал упрекать меня в том, что я не сдержал своего слова и отправлю его под конвоем жандармов. С большим трудом удалось его успокоить и объяснить, что это не конвой, а случайно совпавшая поездка и что ехать ему в вагоне полковника Соловьева будет во всех отношениях удобнее. Вся дальнейшая поездка прошла благополучно, и я с большим облегчением мог доложить Макарову о выполнении возложенной на меня миссии».
Вот с Иллиодором было сложнее. Иеромонаха в январе 1912 года по постановлению Синода заточили во Флорищеву пустынь Владимирской епархии. Но оттуда он сумел передать на волю письма императрицы, адресованные Распутину. По признанию «старца», эти письма были выкрадены Иллиодором еще в период их дружбы. Императрица писала «старцу»: «Как томительно мне без тебя. Я только тогда душой отдыхаю, когда ты, учитель, сидишь около меня, а я целую твои руки и голову склоняю на твои блаженные плечи». Подобные двусмысленные фразы дискредитировали царскую семью и порождали слухи в народе о любовной связи Александры Федоровны с Распутиным. Фотокопии писем в сотнях экземпляров разошлись по Петербургу. С большим трудом министр внутренних дел А.А. Макаров сумел раздобыть оригиналы и представил их императору. Макаров рассказывал премьер-министру В.Н. Коковцову о реакции Николая: «Государь побледнел, нервно вынул письма из конверта и, взглянувши на почерк императрицы, сказал: «Да, это не поддельное письмо», а затем открыл ящик своего стола и резким, совершенно несвойственным ему жестом бросил туда конверт. Вскоре Макарова отправили в отставку, а Иллиодор в октябре 1912 года обратился с посланиями в Синод и к почитателям, в которых заявлял, что раскаивается в своей деятельности, просит прощения у евреев и отрекается от веры в православную церковь. В результате по постановлению Синода он был расстрижен и освобожден из монастыря, чего он, собственно, и добивался, и удалился в родной хутор станицы Мариинская области Войска Донского.
Вместе с десятком своих приверженцев Иллиодор – Труфанов создал общину «Новая Галилея» и, по официальному сообщению, окончательно впал в ересь, отрицая основные догматы православия. Говорили, что он начал строить языческий храм Солнца.
Для Распутина история с Иллиодором также имела некоторые последствия. По распоряжению министра внутренних дел Макарова от 23 января 1912 года за Распутиным вновь было установлено наружное наблюдение, продолжавшееся до самой его смерти. Главной целью наблюдения было обеспечение безопасности «старца». Тогда же Распутина открыто критиковали в Думе. А в феврале 1912 года Николай II под давлением думцев приказал обер-прокурору Святейшего Синода В. К. Саблеру возобновить дело о «хлыстовстве» Распутина и передать для доклада Родзянко. 26 февраля 1912 года на аудиенции Родзянко предложил царю навсегда выгнать Распутина, но тот это предложение оставил без ответа.
Новый тобольский епископ Алексий (Молчанов) лично взялся за это дело, изучил материалы, затребовал сведения от причта Покровской церкви, неоднократно беседовал с самим Распутиным. По результатам этого нового расследования 29 ноября 1912 года было утверждено заключение Тобольской духовной консистории, разосланное многим высокопоставленным лицам и некоторым депутатам Государственной думы. В заключение Распутин-Новый был назван «христианином, человеком духовно настроенным и ищущим правды Христовой». Таким образом, все официальные обвинения были окончательно сняты со «старца». Епископ Алексий, который воспринимал назначение в Тобольск с Псковской кафедры как ссылку, вследствие обнаружения в Псковской губернии сектантского иоаннитского монастыря, пробыл на Тобольской кафедре только до октября 1913 г., то есть всего полтора года, после чего был назначен Экзархом Грузии, возведен в сан архиепископа Карталинского и Кахетинского и сделан членом Святейшего Синода. Не без оснований полагают, что здесь не обошлось без помощи со стороны Распутина.
Встречи царской четы с Распутиным возобновились. С царем Григорий теперь встречался почти ежемесячно, если находился в Петербурге. Встречи сводились, как и раньше, главным образом к беседам за чаем, но о чем они говорили, царский дневник молчит. Впрочем, встречаясь с министрами и генералами, Николай в дневнике практически никогда не отражал содержание разговоров с ними. 18 января 1913 года Николай записал в дневнике: «В 4 часа приняли доброго Григория, кот. остался у нас час с 1
/4».15 февраля царь отметил: «Григорий приехал к нам и побыл больше часу».