Вскоре обнаружились негативные последствия такой формы руководства. Решения Комиссии, которую в обиходе называли «большой пятеркой», дублировались постановлениями советских органов и приказами армейских и фронтовых штабов; самостоятельных решений принимать они, по сути дела, не могли. Практически комиссия подменила, с одной стороны, облгорисполкомы, а с другой — органы военной власти. В конце главы, о которой идет речь, есть такая неприметная фраза:
Именно в это время в Ленинград прибыл новый командующий фронтом генерал армии Г. К. Жуков и Государственный Комитет Обороны 11 сентября упразднил в городе чрезвычайные органы власти, созданные 1 июля 1941 г.
Это был не единичный случай вторжения в военную сферу партийных руководителей Ленинграда. Под их влиянием главнокомандующий северо-западным направлением Маршал Советского Союза К. Е. Ворошилов 20 августа подписал приказ «Об организации обороны г. Ленинграда». В соответствии с ним создавался Военный совет обороны города в составе А. И. Субботина, Л. М. Антюфеева, А. А. Кузнецова, Я. Ф. Капустина и П. С. Попкова.
Штаб обороны должен был работать под руководством горкома партии и исполкома Ленгорсовета.
Узнав о таком приказе главкома, И. В. Сталин совместно с В. М. Молотовым и А. И. Микояном вызвал к аппарату Бодо К. Е. Ворошилова, А. А. Жданова, А. А. Кузнецова, П. С. Попкова и задал им несколько нелицеприятных вопросов:
Государственный Комитет Обороны упразднил созданный 20 августа Военный совет обороны Ленинграда, передав его властные функции Военному совету фронта.
Горком партии уже в первый месяц войны подчинил себе предприятия союзно-республиканского значения, имеющиеся в Ленинграде. Все началось, казалось бы, с малого. Горком партии обратился к правительству с просьбой разрешить конторе Металлосбыта перераспределить между предприятиями имеющиеся в Ленинграде запасы. Такое разрешение было получено, и сырье было перераспределено в интересах небольшой группы заводов.