Флоренский провозглашал: «Личность, сотворенная Богом, — значит, святая и безусловно-ценная своею внутренней сердцевиной — личность имеет свободную творческую волю, раскрывающуюся как система действий, т. е. как эмпирический характер. Личность в этом смысле слова есть характер.
Но тварь Божия — личность, и она должна быть спасена; злой же характер есть именно то, что мешает личности быть спасенной. Поэтому, ясно отсюда, что спасением постулируется разделение личности и характера, обособление того и другого. Единое должно стать разным».
Булгаковский Мастер свою свободную творческую волю реализует в романе о Понтии Пилате. Для спасения творца гениального произведения Воланду действительно приходится развести личность и характер: сначала отравить Мастера и Маргариту с тем, чтобы, отделив их бессмертные, субстанциональные сущности, поместить эти сущности в последний приют. Также члены свиты сатаны — это как бы материализовавшиеся злые воли людей, и не случайно они провоцируют современных персонажей романа на выявление дурных черт характера, мешающих освобождению и спасению личности.
В булгаковском архиве сохранилась книга Флоренского «Мнимости в геометрии». В этом экземпляре подчеркнуты слова о том, будто специальный принцип относительности утверждает, что «никаким физическим опытом убедиться в предполагаемом движении Земли невозможно. Иначе говоря, Эйнштейн объявляет систему Коперника чистой метафизикой, в самом порицательном смысле слова». Привлекло внимание Булгакова и положение о том, что «Земля покоится в пространстве — таково прямое свидетельство опыта Майкельсона (доказавшему, по мнению подавляющего большинства ученых, справедливость теории относительности. —
Финал «Мастера и Маргариты» демонстрирует равноправие двух систем устройства Вселенной: геоцентрической древнегреческого астронома Клавдия Птолемея и гелиоцентрической польского астронома Николая Коперника, провозглашенное Флоренским. В сцене последнего полета главные герои вместе с Воландом и его свитой покидают «туманы земли, ее болотца и реки». Мастер и Маргарита отдаются «с легким сердцем в руки смерти», ища успокоения. В полете Маргарита видит, «как меняется облик всех летящих к своей цели» — ее возлюбленный превращается в философа XVIII в., подобного Канту, Бегемот — в мальчика-пажа, Коровьев-Фагот — в мрачного фиолетового рыцаря, Азазелло — в демона пустыни, а Воланд «летел тоже в своем настоящем обличье. Маргарита не могла бы сказать, из чего сделан повод его коня, и думала, что возможно, что это лунные цепочки и самый конь — только глыба мрака, и грива этого коня — туча, а шпоры всадника — белые пятна звезд». Сатана у Булгакова на пути в царство целей превращается в гигантского всадника, размерами сопоставимого со Вселенной. И местность, где летящие видят сидящего в кресле наказанного бессмертием Понтия Пилата, — это, по сути, уже не земная местность, поскольку перед этим «печальные леса утонули в земном мраке и увлекли за собою и тусклые лезвия рек». Воланд со спутниками скрывается в одном из горных провалов, «в которые не проникал свет луны».
Булгаков особо выделил мысль Флоренского о том, что «мир земного — достаточно уютен». Последний приют Мастера и Маргариты уютен, как мир земного, но явно принадлежит вечности, т. е. находится на границе неба и земли, в той плоскости, где соприкасаются действительное и мнимое пространство.
Истолкование идеи троичности привлекло Булгакова не только у Флоренского, но и у Дмитрия Мережковского — в книге «Тайна Трех. Египет — Вавилон» (1925). Там Мережковский утверждал: «О четвертом измерении кое-что знает Эйнштейн, но, может быть, больше знают Орфей и Пифагор, Иерофант «Четверицы Божественной», которую воспевает он как «число чисел и вечной природы родник…