Флоренский также был подвергнут критике за преподавание во Вхутемасе, где разрабатывал курс по анализу пространственности. Его обвинили в создании «мистической и идеалистической коалиции» с известным художником-графиком Владимиром Андреевичем Фаворским, иллюстрировавшим книгу «Мнимости в геометрии». Вероятно, нападки на Флоренского подсказали Булгакову образ статьи в «боевой газете», направленной против Феси. Булгаковский герой тему диссертации имел прямо противоположную той, что была у Флоренского, — «Категории причинности и каузальная связь» (каузальность в отличие от Флоренского Феся явно понимает как простую причинность, не отождествляя ее с промыслом Божьим). Феся у Булгакова был приверженцем Возрождения, тогда как Флоренский был глубоко враждебен ренессансной культуре. Но оба, и герой и прототип, по-своему оказываются романтиками, сильно обособленными от современной им жизни. Феся — романтик, связанный с культурной традицией Возрождения. Таковы и темы его работ и лекций, которые он читает в Хумате и других местах — «Гуманистический критицизм как таковой», «История как агрегат биографии», «Секуляризация этики как науки», «Крестьянские войны в Германии», «Респлинцитность формы и пропорциональность частей» (последний курс, преподававшийся в вузе, название которого не сохранилось в уцелевшем черновике, напоминает курс Флоренского «Мнимости в геометрии» в Сергиевском педагогическом институте, а также лекции по обратной перспективе во Вхутемасе). Некоторые работы Флоренского могут быть противопоставлены работам Феси, например, «Наука как символическое описание» (1922) — «Истории как агрегату биографии», «Вопросы религиозного самопознания» (1907) — «Секуляризации этики как науки», «Антоний романа и Антоний предания» (1907) (в связи с романом Г. Флобера «Искушение святого Антония») и «Несколько замечаний к собранию частушек Костромской губернии Нерехтского уезда» (1909) — «Ронсару и Плеяде» (о французской поэзии XVI века). Темы работ Феси подчеркнуто светские, однако он увлекается западноевропейской демонологией и мистикой и потому оказывается вовлечен в контакт с нечистой силой. Флоренский в отличие от Феси, по его собственному признанию, — романтик русской православной средневековой традиции, где, как и в работах Флоренского, сильно было мистическое начало.
Некоторые черты Флоренского, возможно, отразились и в позднейшем образе Мастера. Философ, как он сам писал в автореферате биографии для Энциклопедического словаря Гранат (1927), после 1917 г., «состоя сотрудником Музейного отдела… разрабатывал методику эстетического анализа и описания предметов древнего искусства, для чего привлек данные технологии и геометрии» и был хранителем Ризницы Сергиевского музея. Булгаковский Мастер до того, как выиграл по лотерейному билету 100 тыс. рублей и засел за роман, работал историком в музее. В автореферате для словаря Гранат Флоренский определял свое мировоззрение «соответствующим по складу стилю ХIV — ХV вв. русского средневековья», но подчеркивал, что «предвидит и желает другие построения, соответствующие более глубокому возврату к средневековью». Мастера в последнем полете Воланд уподобляет писателю-романтику и философу XVIII века. Вдохновение же главный герой последнего булгаковского романа черпает в еще более отдаленной эпохе Иешуа Га-Ноцри и Понтия Пилата.
Последний приют Мастера среди множества литературных ассоциаций напоминает и цветущий остров из романа Чарльза Мэтьюрина «Мельмот-скиталец», где возлюбленная Мельмота красавица Иммали просит его остаться навсегда, чтобы не возвращаться «в этот мир зла и горя. Здесь цветы всегда будут цвести, а солнце светить так же ярко, как в тот день, когда я в первый раз тебя увидела. Зачем же тебе возвращаться в мир, где людям приходится думать и где они несчастны?».
Упоминание Мастером в беседе с Бездомным «этого проклятого вкладного листа в газету», где был напечатан фрагмент романа о Понтии Пилате, вызвавший шквал критики, — намек на публикацию 1 октября 1932 года отрывка из пьесы «Бег» в ленинградской «Красной газете». Подчеркнем еще раз, что именно кампания, развернутая против «Бега» в 1928–1929 годах, привела в конечном счете к снятию с репертуара всех пьес драматурга.
Финал судьбы Мастера полемичен по отношению к судьбе Фауста в поэме Гёте, где ангелы уносят в свет бессмертную сущность главного героя:
У Булгакова же Мастеру уготован только Лимб, пространство между Адом и Раем, где обитают души младенцев, умерших без крещения, и невольные грешники. В поэме Ангелы с Фаустом Лимб минуют, устремляясь к райским высотам, где парят души невинных христианских блаженных младенцев: