Ближайший сотрудник и наиболее близкий человек к Пилату в Иудее – это начальник тайной стражи Афраний. Прототипом булгаковского Афрания послужил Афраний Бурр, о котором подробно рассказывается в книге Эрнста Ренана «Антихрист». Выписки из этой книги сохранились в архиве Булгакова. Ренан писал о «благородном» Афрании Бурре, занимавшем пост префекта претория в Риме (это должностное лицо исполняло, в числе прочих, и полицейские функции) и умершем в 62 году. Он, по словам историка, «должен был искупить смертью, полной печали, свое преступное желание сделать доброе дело, считаясь в то же время со злом». Будучи тюремщиком апостола Павла, Афраний обращался с ним гуманно, хотя, как пишет Ренан, ранее «у Павла не было с ним никаких непосредственных отношений. Однако, возможно, что человеческое обращение с апостолом обусловливалось благодетельным влиянием, которое распространял вокруг себя этот справедливый и добродетельный человек». Под «смертью, полной печали» здесь имелось в виду сообщение в «Анналах» знаменитого римского историка Тацита о широко распространенном в народе мнении, что Афраний был отравлен по приказу императора Нерона. В романе Мастера Афраний и Понтий Пилат также пытаются сделать доброе дело, не порывая со злом. Пилат стремится помиловать Иешуа Га-Ноцри, но, опасаясь доноса, утверждает смертный приговор. Афраний по долгу службы руководит казнью Иешуа, но потом по завуалированному приказу прокуратора убивает доносчика Иуду из Кириафа. Афраний и Понтий Пилат очень своеобразно восприняли проповедь Га-Ноцри о том, что все люди добрые, ибо первое, что они делают после смерти Иешуа, так это убивают Иуду, совершая, с точки зрения проповедника, безусловное зло.
У Ренана в «Антихристе» упоминается должность префекта полиции Иудеи – на этот пост римский полководец и будущий император Тит во время Иудейской войны 67–70 годов назначил одного из своих иудейских сторонников Тиверия Александра. Афраний фактически является начальником полиции Иудеи, названной в романе тайной стражей.
Нравственный антипод Понтия Пилата в булгаковском романе – Иешуа Га-Ноцри. Он явно восходит к Иисусу Христу Евангелий, но во многих отношениях разительно отличается от него и откровенно полемичен по отношению к традиционному образу. Имя «Иешуа Га-Ноцри» Булгаков встретил в пьесе Сергея Чевкина «Иешуа Ганоцри. Беспристрастное открытие истины» (1922), а затем проверил его по трудам историков. В булгаковском архиве сохранились выписки из книги немецкого философа Артура Древса «Миф о Христе», переведенной на русский в 1924 году. Там утверждалось, что по-древнееврейски слово «нацар», или «нацер», означает «отрасль» или «ветвь», а «Иешуа» или «Иошуа» – «помощь Ягве» или «помощь божию». Правда, в другой своей работе «Отрицание историчности Иисуса в прошлом и настоящем», появившейся на русском в 1930 году, Древе отдавал предпочтение иной этимологии слова «нацер» (еще один вариант – «ноцер») – «страж», «пастух», присоединяясь к мнению британского историка Библии Уильяма Смита о том, что еще до нашей эры среди евреев существовала секта назореев, или назарян, почитавших культового бога Иисуса (Иошуа, Иешуа) «га-ноцри», т. е. «Иисуса-хранителя». В архиве писателя сохранились и выписки из книги английского историка и богослова епископа Фридерика В. Фаррара «Жизнь Иисуса Христа» (1873). Если Древе и другие историки мифологической школы стремились доказать, что прозвище Иисуса Назарей (Га-Ноцри) не носит географического характера и никак не связано с городом Назаретом, который, по их мнению, еще не существовал в евангельские времена, то Фаррар, один из наиболее видных адептов исторической школы, отстаивал традиционную этимологию. Из его книги Булгаков узнал, что упоминаемое в Талмуде одно из имен Христа – Га-Ноцри – означает Назарянин. Древнееврейское «Иешуа» Фаррар переводил несколько иначе, чем Древе, – «чье спасение есть Иегова». С Назаретом английский историк связывал город Эн-Сарид, который упоминал и Булгаков, заставляя Пилата во сне видеть «нищего из Эн-Сарида». Во время же допроса прокуратором Иешуа в качестве места рождения бродячего философа фигурировал город Гамала, упоминавшийся в книге французского писателя Анри Барбюса «Иисус против Христа». Выписки из этой работы, вышедшей в СССР в 1928 году, также сохранились в булгаковском архиве. Поскольку существовали различные, противоречившие друг другу этимологии слов «Иешуа» и «Га-Ноцри», Булгаков не стал как-либо раскрывать значение этих имен в тексте «Мастера и Маргариты». Из-за незавершенности романа писатель так и не остановил свой окончательный выбор на одном из двух возможных мест рождения Иешуа.