Однако в дальнейшем, уже после завершения „Бесов“, когда в январе 1873 года в Московском окружном суде с участием присяжных прошел суд над возвращенным в Россию Нечаевым, последнее слово Сергея Геннадиевича разочаровало Достоевского, не увидевшего в нем действительно крупной личности, соответствующей масштабу совершенных и задуманных преступлений: „Ведь уж, кажется, следил за делом, даже писал о нем, и вдруг — удивился: никогда я не мог представить себе, чтобы это было так несложно, так однолинейно глупо. Нет, признаюсь, я до самого последнего момента думал, что все-таки есть что-нибудь между строчками, и вдруг — какая казенщина! Ничего не мог я себе представить неожиданнее. Какие восклицания, какой маленький-маленький гимназистик „Да здравствует земский собор, долой деспотизм!“ Да неужели же он ничего не мог умнее придумать в своем положении“.
Вероятно, Достоевский бы еще раз изменил мнение о Нечаеве, узнай он о финале жизни Нечаева. Лишенный в тюрьме возможности писать (за „дурное поведение“ у него отобрали перо и бумагу), Сергей Геннадиевич обратил весь свой пропагандистский дар в устное слово и сумел довольно быстро распропагандировать и заставить служить себе тех солдат и унтер-офицеров, которые непосредственно его охраняли. С их помощью Нечаев смог установить связь с членами организации „Народная воля“, готовившими покушение на царя. Солдатам же он объяснял, что царя вскоре убьют и вместо него выберут другого, и впредь царей будут только выбирать, а вся земля отойдет крестьянам. Народовольцы разрабатывали планы освобождения Нечаева или путем налета на тюрьму, или с помощью распропагандированных им солдат, переодев его в солдатский мундир. Однако Нечаев сам велел отказаться пока от планов его освобождения в пользу подготовки цареубийства. Цареубийство, как известно, удалось, но в результате в первой половине 1881 года „Народная воля“ была разгромлена, а наиболее активные ее члены арестованы и казнены. Тем самым почти полностью оборвалась связь Нечаева с волей, хотя ни один народоволец не упомянул жандармам об этой связи и о наличии в Петропавловской крепости тайной солдатской организации. Нечаев начал готовить побег с помощью своих солдат, но в конце 1881 года один из народовольцев, Лев Мирский, наконец рассказал о нечаевской организации в крепости. Все ее участники были арестованы, в том числе и уже уволившиеся в тот момент в запас. Их осудили к каторжным работам. Нечаева на суд не вызывали, в материалах дела он фигурировал как „арестант № 5“. Его перевели в камеру № 1, полностью изолированную от других, так что ни перестукиванием, ни иным образом Нечаев не мог общаться с другими узниками. Питание его ухудшили, время прогулок сократили с 2 часов до 20 минут, но теперь его не выпускали на свежий воздух, а из всех книг разрешили читать только Библию.
Вскоре у узника развилась цинга. Тогда врач предписал отпускать Нечаеву в день полбутылки молока и возобновить прогулки на воздухе. Это было сделано, но цинга осложнилась водянкой, и 21 ноября 1882 года узник скончался, почти на два года пережив обессмертившего его писателя.
Очевидно, Достоевский обратил внимание на показания Г. Енишерлова, подчеркнувшего цинизм взглядов Нечаева не только на людей, принадлежащих к миру, осужденному на разрушение, но и на студенчество, недовольство которого он стремился использовать в своих целях. „Я находил всегда Нечаева в озлобленном и скептическом настроении человека, — показывал Енишерлов, — которому не удалось предпринятое дело, который не услышал сочувственного отклика. По его выражению, русское общество состоит из холопов, в которых не вспыхнет революционная искра, как бы ее ни раздували. Из этого общества студенческая среда наиболее благоприятна революционной пропаганде; но и в ней пропаганда тогда только будет иметь успех, когда скроется на первых порах под каким-нибудь лично студенческим делом“. Достоевский в „Бесах“ сделал эту мысль жизненным кредо Верховенского: „Неужели вы до сих пор не понимали, Кириллов, с вашим умом, что все одни и те же, что нет ни лучше, ни хуже, а только умнее и глупее; и что если все подлецы (что, впрочем, вздор), то, стало быть, и не должно быть неподлеца!“ „Нечаев явился к нам в качестве агента Женевского общества, и те бланки и прокламации, которые он принес, заставляли нас думать, что он действительно лицо доверенное, и приход его ко мне в качестве ревизора от Женевского комитета еще более меня в этом убедил. Все это заставляло думать, что дело происходит в громадных размерах, между тем как тут был обман, автором которого был Нечаев, а обманутыми были мы“, — говорил на суде ближайший помощник Нечаева Успенский. И он же утверждал: „Нечаеву в погоне за своей целью, в его безустанной работе некогда было заниматься какими бы то ни было личными отношениями к кому бы то ни было.