В 1845 году в письме одному из своих ближайших друзей, генерал-лейтенанту графу Александру Петровичу Толстому (1801–1873), будущему обер-прокурору Священного синода, Гоголь следующим образом изложил замысел второго тома «Мертвых душ»: «Вас удивляет, почему я с таким старанием стараюсь определить всякую должность в России, почему я хочу узнать, в чем ее существо? Говорю вам: мне это нужно для моего сочиненья, для этих самых «Мертвых душ», которые начались мелочами и секретарями и должны кончить делами покрупнее и должностями повыше, и это познание точное и верное должностей в том… в каком они должны у нас в России быть. Мне бы не хотелось дать промаха и погрешить против правды, тем более, характер и люди в остальных двух частях выходят покрупнее обыкновенных и в значительных должностях. Я вас очень благодарю, что вы объяснили должность генерал-губернатора; я только с ваших слов узнал, в чем она истинно может быть важна и нужна в России. Прежде мне казалось, что и без нее организм управления губернии совершенно полон. Кстати рассмотрим этот организм, чтобы видеть, так ли точно я его понимаю, как есть. Мне кажется, что он очень умно соображен в частях, соответствует духу земли и обнаруживает в Государыне Екатерине большое понимание потребностей наших…» Очевидно, в тот момент Гоголь уже работал над текстом как второго, так и третьего томов «Мертвых душ». До нас же дошли промежуточные редакции только второго тома. В его заключительной главе фигурировал генерал-губернатор, попытавшийся вывести Чичикова на чистую воду и едва не пробудивший совесть в покупателе мертвых душ. Однако ловкие чиновники, пришедшие на помощь мошеннику, помогли ему и на этот раз выйти сухим из воды. Следуя заявленной Гоголем логике развития сюжета от секретарей к высшим сферам, в финале третьего тома «Мертвых душ» должен был возникнуть либо министр, либо сам генерал-губернатор. Но подобный финал в сущности означал тупик. Невозможно было представить себе, что столь высокопоставленное лицо спасовало перед Чичиковым. Это было бы не только абсолютно неприемлемо в цензурном плане, но и, несомненно, противоречило замыслу писателя. Однако и иной финал, с полным раскаянием Чичикова после беседы с министром или царем, звучал бы художественно неубедительно, едва ли не пародийно. У читателей неизбежно возникал вопрос: может ли государство строиться на одном только благотворном влиянии первого лица на каждого из своих подданных, и особенно тех, которые склонны к неблаговидным поступкам. Если же преображение Чичикова должно было бы свершиться под влиянием одного только внутреннего душевного переворота и в результате общения с такими добрыми и благородными людьми, как откупщик Муртазин, то возникает вопрос: а зачем вообще нужны генерал-губернаторы и цари, если все благое должно свершаться благодаря духовной эволюции каждого члена общества? Вероятно, эти и подобные неразрешимые противоречия при дальнейшем конструировании образов и сюжетных линий привели Гоголя к разочарованию в тексте второго и третьего томов «Мертвых душ» и сожжению последних редакций поэмы.
Тема продолжения «Мертвых душ» очень волновала писателя. Он не был уверен, что сможет поднять эту ношу, хватит ли у него нравственных сил на это. Он очень переживал, что люди по преимуществу таковы, какими он их изобразил в первом томе поэмы. 4 марта (н. ст.) 1846 года Гоголь писал А. О. Смирновой из Рима: «И душе, и телу моему следовало выстрадаться. Без этого не будут «Мертвые души» тем, чем им быть должно. Итак, молитесь обо мне, друг, молитесь крепко, дабы вся душа моя обратилась в одни согласно настроенные струны и бряцал бы в них сам дух Божий».