Толпы этих людей, неорганизованные, жадно ловившие отзвуки событий, происходивших наверху, легко подверженные панике, находились в постоянном движении внутри подземного лабиринта. Они все время переходили с места на место, отыскивая родных и знакомых, снова теряя их в темноте, стараясь быть поближе к командирам, ища более безопасного убежища. Время от времени среди них с быстротой молнии, передаваемые из уст в уста, разносились какие-нибудь тревожные слухи, и тогда в подземельях поднималась паника. Матери подхватывали своих детей и узлы со скарбом и бросались бежать куда-то в темноту, сталкиваясь друг с другом, повсюду слышался детский плач, женские крики, и военным с большим трудом удавалось наводить порядок и успокаивать эту мечущуюся толпу. И можно себе представить, с какими невероятными трудностями встретились командиры, взявшие в эти дни на свои плечи нелегкое бремя организации жизни и обороны подземного города. У них не было даже плана расположения каменоломен, они не могли учесть всех людей и наладить снабжение необходимым питанием и водой этой текучей, подвижной толпы, непрерывно перемещавшейся по темным лабиринтам.
И все-таки они сделали все, что можно. Уже в начале боев старшие командиры, оказавшиеся в подземельях, создали штаб обороны каменоломен. Командование гарнизоном Аджимушкая принял на себя полковник Павел Максимович Ягунов. Это был участник гражданской войны, кадровый офицер Красной Армии, который в 1941 году занимал должность начальника Бакинского пехотного училища, а позднее сражался на фронте и командовал одной из стрелковых дивизий, находившейся на Керченском плацдарме. Сорокалетний батальонный комиссар Иван Павлович Парахин, опытный политработник, стал его заместителем по политической части, капитан Левицкий — начальником штаба, интендант Желтовский — начальником снабжения. Боевые батальоны этого «полка обороны Аджимушкайских каменоломен», как впоследствии стал называться гарнизон, возглавили танкист полковник Григорий Бурмин, пехотинец полковник Федор Верушкин и бывший командир подразделения морской пехоты капитан Аркадий Панов. Каждому из батальонов было поручено оборонять определенный участок каменоломен, у всех выходов наружу и у специально пробитых амбразур постоянно дежурили наблюдатели, пулеметчики и меткие стрелки, зорко подстерегавшие каждое движение врага и своим огнем заставлявшие его держаться на почтительном расстоянии. Время от времени гарнизон делал ночные вылазки и в рукопашных боях наносил противнику немалый урон.
В первые дни удавалось более или менее удовлетворительно решать и проблемы снабжения подземного гарнизона. В каменоломнях находились продуктовые склады с достаточным запасом продовольствия. Здесь, под землей, оказалось также несколько десятков лошадей. Их пришлось забить, и мясо поступило на кухни, организованные интендантом Желтовским, так что на некоторое время защитники каменоломен были обеспечены горячей пищей — супом из конины.
Однако беда была в том, что снабжать предстояло не только бойцов и командиров. Остались без пищи тысячи женщин, детей и стариков, у которых кончились их небогатые запасы. Надо было организовать питание и для них. И, конечно, на такую массу людей не могло хватить надолго никаких запасов. Содержимое продовольственных складов быстро таяло, и командиры обеспокоенно думали о том, что произойдет в близком будущем.
Тяжелой проблемой стало и добывание воды. Дело в том, что в этих подземельях не оказалось колодца и единственным источником водоснабжения был большой резиновый резервуар, врытый в землю в одном из тоннелей. Для многотысячного населения этого подземного города такого резервуара, даже при самом скудном водяном пайке, могло хватить очень ненадолго, и запас воды приходилось непрерывно пополнять. А колодец был только один, и он находился снаружи, в нескольких десятках метров от главного входа в каменоломни. С тех пор как гарнизон был оттеснен под землю, колодец остался как бы на ничейной земле. Он обстреливался с той и с другой сторон, и днем к нему не могли подойти ни немцы, ни наши. Зато ночью удавалось набирать вдоволь воды. В первые дни за водой ходили все, кто хотел, поэтому у колодца нередко возникала давка, поднимался шум, и тогда противник освещал окрестности ракетами и открывал пулеметный огонь. Чтобы избежать ненужных потерь, штаб обороны запретил ходить за водой и были созданы специальные команды водоносов. Ночью они пробирались к колодцу и, соблюдая тишину, организованно и быстро добывали воду, вновь наполняя резиновый резервуар и всевозможные сосуды, мобилизованные для этой цели отовсюду, И все же воды не хватало, и на нее был введен самый строгий рацион.
Между тем немцы, загнав гарнизон Аджимушкая под землю, отнюдь не собирались пассивно ждать, пока он прекратит сопротивление. Они стремились скорее покончить с ним и освободить свои войска для операций на других участках фронта. Поэтому противник вскоре перешел к активным действиям.