Рождение первого ребенка, Минервы, принесло молодой паре как радость, так и проблемы. Скучая по своей семье и волшебному сообществу, которых она оставила ради любви, Изобель настояла на том, чтобы назвать новорожденную дочь в честь ее бабушки, невероятно талантливой волшебницы. Необычное имя сильно удивило людей, среди которых они жили, и преподобному Роберту МакГонагаллу было сложно объяснить прихожанам выбор своей жены. Кроме того, его беспокоило грустное настроение жены. Друзья уверяли его, что женщины часто бывают излишне эмоциональны после рождения ребенка, и скоро Изобель снова станет самой собой.
Изобель, напротив, стала все больше замыкаться в себе и часто уединялась с Минервой на несколько дней подряд. Позднее Изобель рассказывала своей дочери, что она начала проявлять крохотные, но узнаваемые признаки магии с первых часов своей жизни. Игрушки, лежавшие на верхних полках, находили в ее кроватке. Их кошка появлялась по первому зову еще до того, как девочка научилась говорить. Волынка ее отца начинала играть сама по себе в соседней комнате: у малышки Минервы это вызывало смех.
Изобель разрывалась между гордостью и страхом. Она знала, что должна рассказать правду Роберту перед тем, как он увидит что-то, что может его встревожить. Наконец, в ответ на сдержанные вопросы Роберта, она разрыдалась, извлекла волшебную палочку из запертой шкатулки под ее кроватью и показала ему, кто она есть на самом деле.
Хотя Минерва была слишком маленькой, чтобы помнить ту ночь, ее последствия открыли ей глаза на горькую правду о сложности взросления волшебника в мире маглов. Роберт МакГонагалл не перестал любить свою жену, когда узнал, что она волшебница, однако был шокирован ее признанием и тем, что она так долго скрывала это от него. Более того, он, человек, который гордился своей прямотой и честностью, теперь был вынужден вести скрытную жизнь, что совсем не было похоже на него. Захлебываясь слезами, Изобель объяснила, что она (и их дочь) подчиняются Международному статуту о секретности и что они обязаны скрывать правду о себе; в противном случае они познают всю ярость Министерства магии. Роберт также боялся подумать, что местные жители — в основном строгие, чопорные и почитающие традиции люди — скажут о волшебнице, которая к тому же является женой их священника.
Любовь выдержала все, но доверие между родителями Минервы было разрушено, и она, будучи умным и наблюдательным ребенком, смотрела на них с грустью. Двое детей, родившиеся следом — оба мальчики — в определенный момент также проявили свои магические способности. Минерва помогла ее матери объяснить Малькольму и Роберту-младшему, что они не должны хвастаться своей магической силой, и помогала ей скрывать от отца все проблемы и недоразумения, которые возникали по их вине.
Минерва была очень близка со своим отцом-маглом и по характеру гораздо больше походила на него, чем на мать. Она с болью смотрела, как Роберт страдает от ситуации, в которой оказалась их семья. Она также чувствовала, как сложно было ее матери вести жизнь среди маглов, и как она скучала по свободе быть самой собой и по возможности практиковать свои невероятные способности. Минерва навсегда запомнила, как плакала ее мать, когда в одиннадцатый день рождения пришло письмо из Хогвартса; она знала, что слезы Изобель были вызваны не только гордостью, но еще и завистью.
Как это часто бывает в тех случаях, когда юный волшебник или юная волшебница родом из семьи, скрывающей свои магические способности, Хогвартс для Минервы МакГонагалл стал местом радостного освобождения и избавления.
Минерва привлекла к себе много внимания в первый же вечер: она оказалась шляподумом. После пяти с половиной минут, Распределяющая шляпа, выбиравшая между Когтевраном и Гриффиндором, отправила Минерву в Гриффиндор (в последующие годы этот случай стал поводом для шуток между Минервой и ее коллегой Филиусом Флитвиком, с которым Распределяющая Шляпа испытывала такие же трудности, но приняла противоположное решение. Двух деканов забавляла мысль, что они могли бы, — прими Шляпа другое решение, — поменяться друг с другом местами).
Минерва скоро показала себя самой одаренной волшебницей на своем курсе, обладающей особыми способностями к трансфигурации. За время учебы в школе стало ясно, что она унаследовала способности своей матери и высокие моральные качества своего отца. Два года учебы Минервы совпали с временем обучения Помоны Стебль, будущего декана Пуффендуя, и у девушек сложились прекрасные отношения на долгие годы.