Следственная комиссия из 17 человек, под председательством риксадмирала Карла Карлссона Юлленйельма прежде всего предположила, что корабль перевернулся из-за халатности офицеров. Или на «Вазу» было нагружено слишком мало балласта, или пушки не были закреплены и во время крена перекатились на один борт, отчего корабль перевернулся. Первым был допрошен начальник отряда кораблей Эрик Енссон, спасшийся во время аварии. Он поклялся, что лично проверил крепление пушек, здесь все было в порядке (когда «Ваза» был поднят уже в наше время, ученые смогли подтвердить слова офицера). Причина аварии, по его мнению, заключалась в излишней высоте надстроек, в результате чего корабль «был тяжелее сверху, чем снизу». Взять дополнительный балласт также не представлялось возможным. Пушечные порты возвышались над водой не более чем на три с половиной фута, и при увеличении балласта в них могла хлынуть вода.
Одним из главных обвиняемых был шкипер Йоран Матссон. Контроль за размером балласта входил в его прямые обязанности. Но этот офицер утверждал, что балластное пространство было наполнено камнями доверху, а о плохой остойчивости корабля хорошо знал сам адмирал Флеминг. Накануне трагедии была проведена проверка «Вазы» на остойчивость, когда тридцать человек по команде перебегали с одного борта на другой. С каждым разом корабль при этом раскачивался все сильнее, и после третьей попытки адмирал приказал прекратить испытание, поскольку, «если бы они продолжили свои пробежки, корабль бы перевернулся». Шкипер, по его словам, выразил сомнение в остойчивости «Вазы» еще при загрузке балласта, на что адмирал Флеминг ответил: «Мастер строил корабли и прежде, поэтому Матссону не о чем беспокоиться».
Когда выяснилось, что обвинить офицеров «Вазы» нельзя, не посадив на скамью подсудимых и адмирала, следственная комиссия направила свои усилия на поиск виновных среди строителей. Но здесь дело пошло еще хуже. Голландский мастер Хенрик Хюбертссон, строивший «Вазу», скончался за год до спуска корабля на воду, а его преемники дружно уверяли, что строили так, как приказал сам король. Густав Адольф лично установил основные размеры корабля, а также одобрил образец, с которого надлежало копировать «Вазу». Это был французский корабль, выстроенный в Голландии для герцога де Гиза.
И король, и адмирал были неподсудны, а у членов следственной комиссии хватило совести и мужества не искать козла отпущения. Дело было похоронено в архивах.
Голландцы, считавшиеся ведущими корабелами в Европе, в первой половине XVII века еще не пользовались чертежами, позднее к этому пришли англичане. Мастера строили корабли, руководствуясь лишь основными размерами и примерным описанием. Это обстоятельство увеличивало вероятность того, что необходимые пропорции окажутся нарушены. Но голландский мастер Хенрик Хюбертссон считался опытным корабелом, до «Вазы» он выстроил несколько превосходных кораблей, и грубый просчет с его последним творением выглядел странным.
Специалисты сегодня предполагают, что одним из виновников трагедии был сам король. Густав Адольф успешно экспериментировал с полевой артиллерией, но при строительстве «Вазы» его указания о пушечном вооружении корабля оказались роковыми. Большинство шведских и других европейских кораблей того времени были однопалубными и вооружены десятью-двадцатью 12-фунтовыми пушками. Навыка в строительстве кораблей с двумя крытыми артиллерийскими палубами у европейских мастеров почти не было, но и те немногие корабли, что сходили с верфей, вооружались так, чтобы центр тяжести находился как можно ниже. Для этого на верхней палубе устанавливали более легкие пушки, а на нижней размещали тяжелые 12-фунтовые пушки. 24-х фунтовые пушки применялись главным образом в качестве осадной артиллерии и на кораблях были редкостью. Но король хотел видеть новый корабль настоящей плавучей крепостью, поэтому распорядился установить на нем единую артиллерию: семьдесят две 24-х фунтовых пушки облегченной конструкции. Строительство уже шло полным ходом, и проект пришлось менять на ходу, надстраивая еще одну батарейную палубу. Балластное пространство «Вазы» было достаточно лишь для традиционного однопалубного корабля. В конце концов главную корабельную артиллерию сократили до сорока восьми 24-х фунтовых пушек, но ситуацию, как показал первый же рейс «Вазы», это не спасло. Возможно, этот корабль смог бы сохранить остойчивость при серьезном «облегчении» надстроек и более радикальном уменьшении вооружения.