Декарт усматривает противоречие между буквальным библейским представлением о творении мира и логикой развития научных представлений. Это противоречие он разрешает таким образом. Поскольку Бог превосходит возможности человеческого разума, то следует принимать на веру буквальное понимание творения мира, даже если оно не согласуется с логикой развития научного знания. Эти знания Декарт намерен раскрывать в соответствии с их внутренней логикой, однако без претензии на их истинность. Нет сомнения, что на такую осторожную позицию повлияло осуждение Галилея за его научные воззрения.
<…> все тела, составляющие универсум, состоят из одной и той же материи, бесконечно делимой и действительно разделенной на множество частей, которые движутся различно, причем движение они имеют некоторым образом кругообразное, и в мире постоянно сохраняется одно и то же количество движения. Но сколь велики частицы, на которые материя разделена, сколь быстро они движутся и какие дуги описывают, мы не смогли подобным же образом установить. Ибо так как Бог может управлять ими бесконечно различными способами, то какие из этих способов Им избраны, мы можем постичь только на опыте, но никак не посредством рассуждения. Вот почему мы вольны предположить любые способы, лишь бы все вытекающее из них вполне согласовалось с опытом. Итак, если угодно, предположим, что вся материя, из которой Бог создал видимый мир, была сначала разделена Им на части, сколь возможно равные между собой и притом умеренной величины, т. е. средней между различными величинами тех, что ныне составляют небо и звезды. Предположим, наконец, что все они стали двигаться с равной силой двумя различными способами, а именно каждая вокруг своего собственного центра, образовав этим путем жидкое тело, каковым я полагаю небо; кроме того, некоторые двигались совместно вокруг нескольких центров, расположенных в универсуме так, как в настоящее время расположены центры неподвижных звезд; число их тогда было больше, оно равнялось числу звезд вместе с числом планет и комет; скорость, с которой они были движимы, была умеренная, иначе говоря, Бог вложил в них все движение, имеющееся в мире и ныне. Так, например, можно полагать, что Бог разделил всю материю, заключенную в пространстве
В данном случае Декарт излагает концепцию, согласно которой Бог создал мир не в том виде, в каком мы его видим сейчас, а в некоем первозданном состоянии. Из него путем естественного развития возникает привычный нам видимый мир. Законы его развития строго определены, и в их действие Бог не вмешивается. Он подобен создателю часового механизма, который больше не занимается работой часов.