Одновременно с применением строго дифференцированного подхода к коллаборационистам, осуждавшимся в индивидуальном порядке, советская власть осенью 1943 г. приступила к подготовке и проведению т. н. депортаций «возмездия» против целых народов (карачаевцев, калмыков, чеченцев, ингушей, балкарцев, крымских татар). По всей видимости, решение о депортации народа в Кремле принимали тогда, когда, во-первых, были уверены (обоснованно или необоснованно) в наличии среди представителей этого народа значительного числа коллаборационистов, повстанцев и дезертиров, и, во-вторых, когда из-за традиционной структуры общества не имели возможности покарать преступников в индивидуальном порядке. Тот факт, что начало подготовки депортаций «возмездия» по времени совпадает с выходом директивы № 494/94, подтверждает наше предположение. В Кремле одновременно определили порядок индивидуального наказания для коллаборационистов и приступили к подготовке депортации тех, кого в индивидуальном порядке наказать не могли.
После Победы советское руководство столкнулось с новым аспектом проблемы коллаборационистов. На территории бывшего Рейха находились миллионы советских граждан. Большинство из них были вывезены из СССР насильно: остарбайтеры, заключенные концлагерей, военнопленные. Но были и те, кто ушел с немецкими войсками добровольно, опасаясь возмездия за сотрудничество с врагом. Были и те, кто служил в созданных нацистами «национальных легионах», дивизиях войск СС и «Русской Освободительной армии».
Решение было принято достаточно простое. Репатриированные коллаборационисты направлялись в проверочно-фильтрационные лагеря, где проверялись на предмет совершения военных преступлений. Документы свидетельствуют, что подавляющее большинство коллаборационистов эту проверку проходили успешно.
Окончательная судьба репатриантов-коллаборационистов была определена постановлениями ГКО № 9871с от 18 августа 1945 г., СНК СССР от 21 декабря 1945 г. и Совета Министров СССР от 29 марта 1946 г. Согласно этим постановлениям из проверочно-фильтрационных лагерей эти люди были направлены на шестилетнее спецпоселение. Как и в случае с депортациями народов 1943–1944 гг., советское руководство в данном случае отказалось от принципов индивидуального наказания, предпочтя в целом более мягкое коллективное наказание.
Как видим, репрессивная политика советских властей по отношению к коллаборационистам с течением времени существенно смягчалась и становилась все более и более дифференцированной. Рядовой сформированного оккупантами полицейского батальона в 1942 г. арестовывался и был судим за измену родине; в 1944 г. точно такой же рядовой полицейский подвергался проверке на тех же основаниях, что и вышедший из окружения красноармеец, после чего направлялся на работу в народное хозяйство или призывался в Красную Армию. Однако если рядовой-коллаборационист при приближении Красной Армии ушел вместе с немцами и был впоследствии репатриирован обратно в СССР, то он отправлялся в ссылку сроком на шесть лет.
Последовательное смягчение советской репрессивной политики по отношению к коллаборационистам объясняется прежде всего осознанием вынужденного характера сотрудничества с нацистами для большей части оказавшихся под оккупацией советских граждан. В 1941 г. измену родине порою видели там, где ее и в помине не было; в 1943 г. пришло понимание того, что в условиях жесточайшего оккупационного режима вступление в коллаборационистские формирования было зачастую лишь средством выживания как для советских военнопленных, так и для мирных жителей.
Коллаборационизм в прибалтийских республиках имел свою специфику, отличавшую его от коллаборационизма на территории России, Украины и Белоруссии. В Прибалтике процент коллаборационистов к общей численности населения был значительно более высок; сформированные из прибалтов подразделения вспомогательной полиции отметились в масштабных карательных операциях против мирного населения России и Белоруссии, охраняли концлагеря от Ленинградской области на севере до Сталинградской на юге, участвовали в боях против Красной Армии на фронте. Всего же, по подсчетам российского историка С.И. Дробязко, в составе вермахта, войск СС, полиции и военизированных формированиях служило до 300 тысяч прибалтов (6,3 % от общего числа проживавших в Прибалтике эстонцев, латышей и литовцев). Для сравнения: численность коллаборационистов-славян оценивается историками в 700 тысяч человек, что составляет 0,5 % от общего числа проживавших в СССР русских, украинцев и белоруссов.
Несмотря на эту специфику, репрессии против коллаборационистов на территории Прибалтики осуществлялись в соответствии с директивой № 494/94. Репрессии подвергались преимущественно офицеры, руководящие работники гражданской администрации и те из коллаборационистов, чье участие в преступлениях против мирных граждан было доказано.