Иван III радушно принял изгнанников. Мухаммед-Эмину был пожалован городом Каширой, щедрые пожалования получил его брат и другие знатные беглецы.
Воспользовавшись бегством Мухаммед-Эмина, на казанский престол при поддержке ногайцев вернулся Али-хан. Сохранилось интересное сообщение о его намерении расправиться со своими недругами (без сомнения теми знатными князьями и мурзами, которые передали престол Мухаммед-Эмину), но им также удалось уйти в русские пределы.
Весной 1486 г. московские полки сумели вернуть Мухаммед-Эмина на казанский престол, но, после их ухода, сторонники Али-хана вновь взяли верх и вынудили московского ставленника уйти на Русь.
Поддержка, оказанная Иваном III сопернику Али-хана несомненно испортила и без того сложные русско-казанские отношения. Косвенным подтверждением этому является начавшееся тогда возобновление укреплений городов, которые могли подвергнуться татарскому нападению. Новая война была неизбежна, и великий князь, учитывая опыт прошлых неудач, решил добиваться политического подчинения Казанского ханства своей власти. Лишенный престола, но сохранивший титул «царя» Мухаммед-Эмин вынужден был дать Ивану III вассальную присягу и назвать его своим «отцом».
В Москве начинаются масштабные военные приготовления, т. к. реализовать далеко идущие замыслы великого князя о подчинении Казани было невозможно без окончательной победы над Али-ханом и воцарения на казанском престоле Мухаммед-Эмина. 11 апреля 1487 г. в решающий поход на Среднюю Волгу выступило войско, которое вели лучшие московские воеводы князь Даниил Дмитриевич Холмский, князь Иосиф Андреевич Дорогобужский, князь Семен Иванович Хрипун Ряполовский, князь Александр Васильевич Оболенский и князь Семен Романович Ярославский. 24 апреля вслед за ними выехал и «царь» Мухаммед-Эмин.
Татары попробовали остановить продвижение московской рати, но были разбиты в сражении близ устья реки Свияги и отступили к Казани. 18 мая 1487 г. началась осада города. Казань была окружена валом и частоколом (острогом), отряд князя Али-Газы (Алгазы), пытавшийся препятствовать осадным работам русских, был разбит и отогнан за Каму. Осада продолжалась три недели. 9 июля 1487 г. Казань сдалась, и русское войско вступило в город. Али-хан, его жены, мать царица Фатима, братья Мелик-Тагир и Худай-Кул, а также сестра царевна Ковгар-Шад были уведены в плен. Свергнутый хан, вместе с женами, был заточен в Вологде, его близкие — на Белоозере в пригородной слободе Карголом, другие знатные татары — «розсажены по посельским» (по великокняжеским селам). Пленные, согласившиеся дать «роту» (присягу), что «им государю хотеть великому князю добра» были отпущены в Казань, где прочно воцарился Мухаммед-Эмин, а московским наместником при нем стал Дмитрий Васильевич Шеин.