Идея унитарности, всеобщей связи в природе, была сформулирована Шеллингом еще в его ранней работе "Einleitung zu dem Entwurf eines Systems der Naturphilosophie" (1799)212, где высказана догадка о необходимой связи между электричеством и магнетизмом. Отношение Эрстеда к натурфилософским идеям Шеллинга не было неизменным: от раннего увлечения этими идеями он впоследствии перешел к их критике, которая усилилась в зрелый период его жизни, возможно, под влиянием выдающихся французских ученых (Кювье, Шарля, Бертолле, Био и др.), признанных мэтров экспериментального естествознания. Эрстеда прежде всего не удовлетворял антиэмпирический настрой шеллингианской философии. Еще будучи студентом, Эрстед отмечал, что "блестящие и великие" идеи, рассыпанные в ранних работах Шеллинга, соседствуют с совершенно ложными эмпирическими высказываниями213. Шеллинг, скептически замечал Эрстед, "претендует на то, чтобы дать полную философскую систему физики, хотя его естественнонаучные познания ограничены тем, что написано в учебниках"214. Однако он вдохновлялся идеей фундаментального единства природы и посвятил свое творчество поискам основных форм этого единства. Эти поиски, полагал Эрстед, должны опираться на экспериментальное изучение всего многообразия природных явлений, в противном случае они бесплодны или ведут к ошибкам.
Наряду с физикой и химией Эрстед всерьез занимался также философией. Ему принадлежит двухтомный труд "Дух в природе" (1850)215. Вначале опубликованная на датском языке ("Aanden i Naturen"), эта книга была вскоре переведена на немецкий (впоследствии это издание стало основным источником цитирования философских высказываний Эрстеда), английский и другие европейские языки. Название книги, возможно, перекликается с ранней работой Шеллинга "О мировой душе" (1799), также внимательно прочитанной и пережитой датским физиком. Впрочем, идея универсальной одухотворенности мироздания, сама по себе не новая и восходящая к античной и средневековой мысли, была насыщена новым содержанием, опиралась на результаты современной Эрстеду науки и отвечала важнейшим ценностным ориентациям последней.
Книга представляет собой ряд философских трактатов, написанных в доступной для широкого читателя форме, но затрагивающих важнейшие натурфилософские проблемы. Главная мысль всех трактатов - изучение природы раскрывает перед исследователем вечную духовность мироздания, определяющую собой все явления, и условия, при которых Дух являет себя в мире вещей и человеческих мыслей.
Первый том посвящен проблеме явления Духа в природе. Непрерывно и вечно меняющийся мир вещей содержит в себе нечто неизменное и абсолютное - законы существования и изменения. Эти законы или "идеи" природы не являются порождениями человеческого ума, но суть законы того Разума, который наполняет собой вечную Вселенную. Те или иные сочетания законов образуют то, что можно назвать сущностью или формой любого предмета или явления. В активном, "живом" взаимодействии объектов природы проявляются их сущности. Поэтому существование всякого природного объекта можно считать жизнью его идеи или сущности. Эрстед занимается также вопросами соотношения разума и воображения, как зависящих друг от друга способностей интеллекта, позволяющих постичь "жизнь идей". Духовность не просто пронизывает природу и мышление о ней, Дух царит в мире, подчиняя себе и возвышая усилия человеческого ума. В ряду этих усилий особое место занимает наука, которую Эрстед уравнивает с богослужением.
Во втором томе рассматриваются взаимосвязи естественных наук с иными сферами культуры, например, с религией и с искусством, влияние науки на интеллектуальное и духовное развитие человечества, особенности формирования научных сообществ. Эрстед полагал, что физическая история человечества отличается очевидной стабильностью и не заключает в себе резких скачков и изменений, тогда как духовная история обнаруживает прогресс морали и межчеловеческих отношений. Заслуживают особенного внимания его мысли о развитии науки, сформулированные в лекции "Заметки об истории химии"216.