По-прежнему с большой охотой приезжали в Коломенское иностранцы: «Во вторник, 9-го июня, – день рождения его царского величества, в этот день достигшего полных 15-ти лет – после обеда, его превосх., господин Виниус, Владимир Васильевич Воронин и оба пристава со многими другими провожатыми, в 2-х каретах и со свитою на лошадях, всего человек 60, отправились в Коломенское, где мы перед воротами спешились и вошли во двор, где приказчик или каштелян приветствовал его превосх. За воротами стояли 4 льва, сделанных из дерева и одетые в шерсть, похожую на львиную. Внутри львов находились часовые механизмы, пружина которых заставляла львов ворочать глазами и по временам издавать страшный рев. Внутри ворот находились четыре таких же льва. На четырех фронтонах дома написаны были 4 части света и объяснение к ним Греческими буквами. Приказчик или каштелян сейчас же провел его превосх. и его провожатых наверх, где мы в аудиенц-зале, очень великолепном, увидели несколько развешанных ковров и между прочим, две Французские картины, изображавшие 9 муз или богинь искусства. Нас потом водили из одной комнаты в другую, причем всех их было до сотни. Нам показали и баню, а из нее нас провели в столовую, где мы получили хорошее угощение. Отсюда мы прошли в питомник и сад и, наконец, снова поместились в каретах или верхом и направились домой», – свидетельствовал голландский дипломат Балтазар Койэт.
Вместе с государем в Коломенское нередко приезжали и его младшие братья – Иван (род. в 1666) и Петр (род. в 1672), которому он старался заменить отца, а также старшая сестра Софья (род в 1657), ставшая после смерти Федора Алексеевича регентшей при провозглашенных царями братьях. События в Москве после кончины 27 апреля 1682 года двадцатилетнего царя Федора Алексеевича развивались стремительно и привели к тому, что основной политической силой стали стрельцы во главе с князем Иваном Хованским. Он, как глава Стрелецкого приказа, представлял огромную опасность для царевны Софьи. Властные амбиции Хованского привели регентшу к мысли о необходимости скорейшего от него избавления.
Соловьев писал: «Освободились от раскольников, но оставалось дело более трудное – освободиться от Хованского, который успел привлечь к себе стрельцов потаковничеством всем их желаниям, а стрельцы в благодарность не иначе называли его как отцом и готовы были исполнить все его требования. Видя эту привязанность к себе могущественных стрельцов, Хованский забылся: оскорблял правительницу своим самовольством, вельмож гордостью, унижением их службы, хвастовством своим. Хованский волновал стрельцов; волновал их всякий, кто хотел чего-нибудь добиться; они чувствовали свою вину, знали, что бояре и все лучшие люди ненавидят их, и потому легко верили всяким слухам о мерах, которые будто бы против них предпринимались. Наконец 2 сентября, когда царское семейство было в Коломенском, явился донос на Хованского, будто бы он с помощью стрельцов хочет истребить царское семейство, перебить бояр, посредством раскола замутить землю, поднять простой народ на власти и помещиков и провозгласить себя царем.
Современники говорят, что донос этот был выдуман боярином Милославским для скорейшего погубления Хованского. Как бы то ни было, Софья решилась привести в исполнение то, чем грозила во время раскольничьего возмущения: оставить Москву и поднять против стрельцов дворян и детей боярских. Под видом богомолья она выехала из Коломенского в Саввино-Сторожевский монастырь, откуда поехала к Троицкому монастырю и остановилась недалеко от него, в селе Воздвиженском, разослав грамоты по городам, призывая служилых людей для усмирения бунтующих стрельцов и Хованского. Хованский вместе с сыном был схвачен на дороге из Москвы к Троице, куда ехал по приглашению Софьи, и привезен в село Воздвиженское».
Итак, Коломенское в очередной раз стало местом, где решалась судьба государства. Царское семейство в сопровождении стольников и в полном составе (оба царя, вдовы-царицы и восемь царевен во главе с Софьей) бежало сюда из Кремля 4 августа 1682 года, убоявшись слухов о возможном перевороте – захвате власти стрельцами. Летопись сообщает: «Того же году в 4 день великие государи и великие князья Иоанн Алексеевич и Петр Алексеевич всеа Великия и Малыя и Белыя России самодержцы пошли из Москвы в поход в село Коломенское. И в Коломенском были немалое время». Немалое время – это месяц, в течение которого царская семья, разместившаяся в Коломенском дворце, пережидала смутные дни. Древняя усадьба временно приобрела значение второго, противостоящего Кремлю, центра власти. Хованский оказался в замешательстве. Стрельцы не решились бы взять приступом Коломенское. Политическая обстановка в стране постепенно менялась. А после получения в Коломенском подметного письма 2 сентября 1682 года Софья приобрела сильный козырь против стрельцов и их предводителя.