Постановление об отстранении Филина от должности начальника НИИ ВВС Политбюро ЦК приняло 6 мая 1941 года. Точная дата его ареста неизвестна. Постановление СНК о НИИ ВВС вышло 27 мая, приказ НКО о предании начальника НИИ ВВС суду военного трибунала вышел 31 мая, но в докладной записке Берии, составленной в январе 1942 года, указано 23 мая.
24 мая 1941 года произошло одно из важнейших событий в истории Советского Союза. Вечером этого дня (с 18.50 до 21.20) в кабинете Сталина прошло совещание высшего командного состава Вооруженных Сил. Присутствовали: нарком обороны Тимошенко, начальник Генштаба Жуков, начальник оперативного отдела Генштаба Ватутин, новый (после Рычагова) главком ВВС Жигарев, командование пяти западных военных округов в полном составе. Примечательно, что из всего «ближнего круга» партийных руководителей, почти ежедневно бывающих в кабинете у Хозяина, на это совещание был допущен только один Молотов! После того, как военные ушли, в кабинет вошел еще один человек, которому Сталин и Молотов уделили целый час времени. Это был малоизвестный (как тогда, так и сейчас) широкой публике заведующий отделом Балканских стран НКИД товарищ Лаврищев. Вот и все, что известно по сей день об этом событии. Да еще одна фраза из интервью Василевского: «
Трудно сказать, является ли это случайным совпадением, но после 24 мая аресты пошли один за другим.
30 мая 1941года арестован Э.Г. Шахт, 1904 г.р., член ВКП(б) с 1926 года, генерал-майор авиации, помощник командующего ВВС Орловского ВО. Эрнст Генрихович, немец по национальности, родился в Швейцарии. Приехал на «родину пролетариев всего мира», в возрасте 22 лет вступил в партию большевиков. Выучился на летчика-истребителя, воевал в небе Испании, за личное мужество и мастерство, проявленные в воздушных боях, был удостоен звания Героя Советского Союза.
В тот же день, 30 мая 1941 года арестованы нарком боеприпасов И.П. Сергеев и его заместитель А.К. Ходяков.
31 мая 1941 года арестован П.И. Пумпур, 1900 г.р., член ВКП(б) с 1919 года, генерал-лейтенант авиации, начальник Управления боевой подготовки ВВС РККА, затем — командующий ВВС Московского ВО. Во время войны в Испании Пумпур — руководитель группы советских летчиков-истребителей, в числе самых первых удостоен звания Героя Советского Союза, награжден двумя орденами Ленина и орденом Красного Знамени.
1 июня 1941 г. арестован комдив Н.Н. Васильченко, 1896 г.р., член ВКП(б) с 1918 года, помощник генерал-инспектора ВВС Красной Армии.
3 июня 1941 года приняты важные организационные решения. Дело в том, что с весны 1941 года военная контрразведка организационно входила в состав Наркомата обороны (3-е управление НКО). Это создавало определенные трудности и задержки в фабрикации «дел». Поэтому 3 июня Политбюро принимает следующее Постановление:
4 июня 1941 года арестован П.П. Юсупов, 1894 г.р., беспартийный, генерал-майор авиации, заместитель начальника штаба ВВС РККА.