Затем советские гражданские корабли стали постоянным объектом нападения японских подводных лодок в открытом море. 1 мая 1942 года был торпедирован пароход «Ангарстрой». 17 февраля 1943 года по пути из Владивостока в Петропавловск-Камчатский был потоплен пароход «Ильмень». В тот же день вблизи Цусимского пролива двумя торпедами был потоплен пароход «Кола». Японскими военными моряками были пущены на морское дно советские суда «Кречет», «Свирьстрой», «Сергей Лазо», «Симферополь», «Перекоп», «Майкоп»…
Японские подводные лодки не только производили из-под воды внезапные торпедные залпы по советским судам, но и, всплывая, обстреливали их из орудий, как это было в случае с пароходом «Уэлен» у австралийских берегов.
Продолжались постоянные нарушения государственной границы Советского Союза в Приморье, Приамурье и Забайкалье. Так, в памятной записке наркомата иностранных дел СССР посольству Японии в Москве от 3 февраля 1943 года относительно случаев нарушения советской государственной границы японской стороной говорилось следующее:
«21 ноября 1942
г., в 10 час. 40 мин., один японский самолет, типа бомбардировщик, нарушил государственную границу СССР в пункте, что 15 км южнее погранзнака № 24.Самолет залетел в глубь советской территории на 60 км и, пробыв над территорией СССР один час 25 мин., в 12 час. 05 мин. вылетел в Маньчжурию, в районе, что 13 км южнее маньчжурского г. Дуннин.
24 ноября 1942
г., в 13 час. 30 мин., группа японо-маньчжурских солдат, численностью 25 чел., прибыла на подводах к маньчжурскому берегу Амура, в районе примерно 4,5 км северо-западнее маньчжурского населенного пункта Шандагоан. Расположившись в указанном районе, группа открыла ружейно-пулеметный огонь в направлении советского острова. После обстрела японо-маньчжурские солдаты высадились на советский остров и, пробыв там до 15 часов, возвратились обратно на маньчжурскую территорию.30 ноября 1942
г., в 11 час. 51 мин., один японский самолет нарушил государственную границу СССР в районе, что 1 км севернее пограничного знака № 19. Самолет углубился над советской территорией до 60 км и, пробыв над территорией СССР 56 мин., в 12 час. 47 мин. вылетел в Маньчжурию, в район населенного пункта Полтавка.3 декабря 1942
г., в 12 час, один японский самолет нарушил государственную границу СССР в пункте, что 4,5 км северо-западнее (по)граничного знака литера «П». Самолет, залетев в глубь советской территории на 25 км, вылетел в Маньчжурию, в пункте, что 30 км севернее (пограничного знака литера «П»).15 декабря 1942
г., в 12 час. 40 мин., один японский самолет, типа разведчик, нарушил государственную границу СССР в районе, что 39 км юго-западнее Хабаровска. Самолет залетел в глубь советской территории на 15 км, после чего вылетел в Маньчжурию, в районе взлета.