Союзные монгольские войска вошли в состав конно-механизированной группы (КМГ), которой командовал генерал И.А. Плиев. Его заместителем по монгольским войскам был назначен генерал Ж. Лхагвасурон. Всего в КМГ насчитывалось свыше 42 тысяч человек, 610 орудий и минометов, 403 танка. Союзным войскам предстояло действовать на правом фланге Забайкальского фронта.
Все сухопутные, воздушные и морские силы были объединены под общим командованием — Главным командованием советских войск на Дальнем Востоке во главе с Маршалом Советского Союза А.М. Василевским, членом Военного совета генерал-полковником И.В. Шикиным и начальником штаба генерал-полковником С.П. Ивановым. Главнокомандующему подчинялись все три фронта, Тихоокеанский флот и Краснознаменная Амурская флотилия. Василевский начал свою деятельность в новой должности в Чите, куда он прибыл в ночь на 5 июля.
Для координации действий сил флота на морском театре военных действий во Владивосток прибыл народный комиссар ВМФ адмирал флота Н.Г. Кузнецов. Он же координировал действия Амурской флотилии с сухопутными войсками. Действиями авиации руководил командующий ВВС Главный маршал авиации А.А. Новиков.
Перегруппировка войск проводилась в условиях строжайшей секретности. С целью соблюдения военной тайны советские военачальники прибывали на Дальний Восток под другими фамилиями и в других воинских званиях. Так, главнокомандующий A.M. Василевский во всех служебных документах и в переписке, радиограммах именовался «заместителем наркома обороны генерал-полковником Васильевым», а Р.Я. Малиновский — генерал-полковником Морозовым.
Прибывшие на Дальний Восток войска имели богатый боевой опыт. В состав Забайкальского фронта вошли прибывшие из района Праги 6-я гвардейская танковая и 53-я армии, из Восточной Пруссии, из-под Кенигсберга — 39-я армия. На 1-й Дальневосточный фронт из той же Восточной Пруссии прибыла 5-я армия. Эти армии имели опыт действий в гористой местности (6-я танковая и 53-я) и прорыва хорошо укрепленных районов (39-я и 5-я).
Окончательный вариант стратегической операции на Дальнем Востоке был выработан к 27 июня 1945 года. По плану Советского Верховного Главнокомандования главный удар наносил Забайкальский фронт. Ему предстояло в наступлении овладеть такими важными центрами Маньчжурии, как города Мукден, Чаньчунь, Порт-Артур.
1-й Дальневосточный фронт из Приморья наступал в направлении на город Гирин — то есть по кратчайшему направлению навстречу войскам Забайкальского фронта. 2-й Дальневосточный фронт, наступавший из Приамурья, должен был сковать действия японской Квантунской армии.
Большую роль должен был сыграть Тихоокеанский флот. Правда, он численно уступал японскому флоту, особенно в больших кораблях. Однако к августу 1945 года Тихоокеанский флот заметно пополнился, теперь в его состав входили: 2 крейсера, построенных на Дальнем Востоке, 1 лидер, 12 эскадренных миноносцев, 10 сторожевых кораблей типа «Фрегат», 6 сторожевых кораблей типа «Метель», 1 сторожевой корабль типа «Альбатрос», 2 сторожевых корабля типа «Дзержинский», 2 монитора, 10 минных заградителей, 52 тральщика, 204 торпедных катера, 22 больших охотника, 27 малых охотников, 19 десантных кораблей. Подводные силы состояли из 78 подводных лодок типов «Л», «Щ», «С» и «М». Главной базой корабельных сил флота являлся Владивосток.
Авиация Тихоокеанского флота насчитывала 1587 самолетов различных типов: истребителей, бомбардировщиков, торпедоносцев, штурмовиков, разведчиков, транспортных и учебных. Береговая оборона насчитывала 167 береговых батарей с орудиями калибром от 45 до 356 мм. Они составляли основу противодесантной обороны тихоокеанского побережья страны.
Общей задачей Тихоокеанского флота было взаимодействие с войсками 1-го Дальневосточного фронта в операциях по окружению японских сил в Северной Корее и Южной Маньчжурии путем пресечения вражеских коммуникаций с метрополией. Кроме того, ставилась задача недопущения действий военного флота Японии против советского побережья и высадки десантов на острова и корейское побережье.
Краснознаменная Амурская флотилия к началу боевых действий состояла из 6 мониторов, 11 канонерских лодок, 52 бронекатеров, 12 речных тральщиков и других судов. Флотилия имела свою авиацию в количестве 70 самолетов. Амурской флотилии предстояло содействовать сухопутным войскам в их наступлении, помогать преодолевать водные преграды.
Советским войскам противостояла сильная группировка японских войск и войск Маньчжоу-Го общей численностью до 1 млн. человек. Собственно японских войск было примерно 600 тысяч человек, из которых 450 тысяч находились в Маньчжурии, а остальные 150 тысяч — в Корее, преимущественно в северной ее части.