После подавления «восстания большого кулака» была усилена охранная стража КВЖД. Первоначально в ней служили казаки на основе вольного найма. Условия работы в Маньчжурии были таковы: рядовой казак получал жалованье в 20 золотых рублей в месяц, вахмистр — 40 золотых рублей с готовым обмундированием и столом. Стража носила форму: черные открытые тужурки и синие рейтузы с желтыми лампасами, фуражки с желтым кантом и тульей. Погон не было, у офицеров погоны заменялись изображением золотого дракона. Дракон (желтый или золотой) изображался на кокардах папах, пуговицах и сотенных значках.
Вся линия КВЖД была поделена на отрядные участки, а те, в свою очередь, делились на ротные участки. Непосредственно вдоль линии железной дороги устанавливались посты пехоты — по 5—20 человек в каждом. У постов были вышки для наблюдения и «веха» — высокий столб, обмотанный просмоленной соломой. Во время тревоги или нападения солому поджигали, что служило сигналом для соседних постов. Производилось непрерывное патрулирование от поста к посту.
Нападения хунхузов на посты охраны КВЖД первоначально происходили часто. Но каждое из них влекло за собой беспощадное преследование и расправу. Требовалось немало мужества, не обошлось и без тяжелых жертв, но уважение к русской охранной страже и страх перед ней маньчжурским разбойникам были с годами привиты крепко.
Конные сотни охранной стражи располагались по станциям. Разведке конных стражников вменялось в обязанность наблюдать местность по 25 верст в стороны от железнодорожного пути (это была зона непосредственной охраны КВЖД) и вести дальнюю разведку еще на 75 верст. Стражники охраняли и пароходное сообщение по реке Сунгари.
Пекин, Тяньцзинь и другие важные пункты столичной провинции Чжили оказались оккупированными международным экспедиционным корпусом численностью до 70 тысяч человек. Дальнейшее пребывание его там беспокоило российское правительство. 25 августа 1900 года министр иностранных дел России уведомил союзные державы, что русские войска отзываются из Пекина и что они покинут Маньчжурию, как только там будет восстановлен прежний порядок.
Вместе с тем российское правительство демонстративно заявило, что не считает себя находящимся в состоянии войны с Китаем, так как правительство его вынуждено было выступить против иностранцев только под давлением вооруженных мятежников. Самым эффектным было предложение ввиду освобождения посольств без промедления вывести все иностранные войска из Пекина. Тогда китайское правительство сможет вернуться в столицу и само окончательно восстановить порядок.
Союзные державы, прежде всего Япония, отвергли российское предложение. Тогда русские войска покинули китайскую столицу одни. Тем самым Российское государство продемонстрировало свое добрососедство с Китайской империей.
В 1901 году начались переговоры между союзными державами и пекинским правительством, в которых приняла участие и Россия. 7 сентября был подписан заключительный протокол. На Китай была возложена новая контрибуция, составлявшая в пересчете на русские рубли сумму около 1,5 миллиарда рублей.
Япония начала исподволь готовиться к войне с Россией. Ее целью был захват Кореи и Маньчжурии, сокрушение русских позиций на Дальнем Востоке. Правящие круги империи на Японских островах считали выгодным начать войну как можно скорее, пока еще не было закончено строительство Сибирской железной дороги. Токио сдерживала лишь собственная финансовая слабость, а также опасение, как бы Россию не поддержали Германия и Франция, как это случилось в 1895 году.
В это время германский император стал убеждать Николая II в исторической миссии Российского государства как заступника Европы от «желтолицых». Тот заявил Вильгельму II в ответ на предостережения в связи с широкими военными приготовлениями Японии следующее: «Войны не будет, потому что я ее не хочу».
Подобная позиция Германии была вполне понятна: в Берлине, равно как и в столицах других европейских держав, не хотели видеть на континенте сильную Россию. Не случайно канцлер Бисмарк однажды заметил: