Вяло велись работы и по укреплению обороноспособности морской крепости Владивосток. Владивостокский крепостной район разделялся на две обособленные части: обширный полуостров Муравьева-Амурского, вытянутый с северо-востока на юго-запад, и остров Русский, отделенный от материка проливом Босфор Восточный. Глубоководная бухта Золотой Рог, хотя и небольшая по акватории, являлась удобнейшей стоянкой для военных кораблей, в том числе броненосных всех классов.
Накануне войны Владивостокская крепость находилась явно в неудовлетворительном состоянии, особенно это касалось ее артиллерийской вооруженности и наличия долговременных крепостных сооружений, причалов морского порта. Военный министр Куропаткин после посещения Владивостока со всей откровенностью записал в своем дневнике:
Сибирская железная дорога, возводившаяся в крайне тяжелых географических условиях, еще не была достроена и обустроена. В силу этого она обладала крайне низкой пропускной способностью: в начале войны всего три пары воинских поездов в сутки. Лишь через пять месяцев количество поездов увеличилось до 7—8, а к концу войны оно достигло 14 пар в сутки. От Челябинска до Ляояна эшелон с войсками шел более 20 суток, из российской столицы до столицы КВЖД — города Мукдена — около 50 суток. Русское командование при организации тыла Маньчжурской армии «забыло» использовать судоходные реки Амур и Сунгари.
Поэтому сосредоточить в кратчайшие сроки в Маньчжурии полумиллионную русскую армию, снабженную всем необходимым для ведения боевых действий, как предполагало высшее военное командование России, было практически невозможно. Война со всей убедительностью доказала это.
Железнодорожные перевозки требовали постоянной охраны. Во всех районах Маньчжурии действовали многочисленные банды хунхузов, которые, помимо грабежа китайских деревень, регулярно нападали на КВЖД, и особенно часто на русские обозы, когда тыловые грузы перевозились на гужевом транспорте погонщиками-китайцами. Хунхузы старались в первую очередь захватить продовольствие. Слабость местной китайской администрации потребовала от русского командования усиленной охраны армейских тылов и коммуникаций.
Между тем отношения России с Японией ухудшались с каждым месяцем. Различные милитаристские и шовинистические организации раздували на Японских островах антироссийскую пропаганду. Столичные и провинциальные газеты пестрели статьями, в которых читателям старательно доказывалось, что Япония легко выиграет войну с Россией. Так, в газете «Ниппон Симбун» от 18 сентября 1903 года анонимный автор писал:
С целью еще более обострить обстановку на Дальнем Востоке Токио летом 1903 года возобновило переговоры с Санкт-Петербургом. Помимо признания преобладающего влияния и фактического протектората Японии в Корее японцы требовали от России согласия на продолжение корейской железной дороги до соединения с китайской линией. Российское правительство на это не шло, все время настаивая на том, что маньчжурский вопрос касается исключительно России и Китая и что Япония вообще не должна вмешиваться в маньчжурские дела.