На ближних подступах к Порт-Артуру началась постановка оборонительных минных заграждений. Это обернулось для русской эскадры двумя трагедиями. Минный транспорт «Енисей», ставивший мины, при уничтожении одной из них, которая неожиданно всплыла наверх, был снесен течением на собственное минное поле, подорвался и с большей частью команды затонул. Подошедший для спасения экипажа затонувшего корабля крейсер «Боярин», командир которого не знал расположения поставленных «Енисеем» минных заграждений, после двойного подрыва тоже затонул. После подрыва на первой мине крейсер, оставленный командой, держался на плаву более суток.
Японцы предприняли попытку блокировать русскую эскадру во внутренней гавани Порт-Артура с помощью пароходов-брандеров (их трюмы были заполнены камнями), которые намечалось затопить на входе в нее. В случае удачи подобного перекрытия фарватера глубокосидящие русские броненосцы и крейсера оказались бы в надежной ловушке. Убрать затопленные на входе тяжелые пароходы-брандеры было бы делом трудноразрешимым.
Однако ночная диверсия японцам не удалась. Со стоявшего, приткнувшись к берегу, поврежденного броненосца «Ретвизан» противник (миноносцы охранения) был вовремя замечен, и по нему был открыт огонь из корабельных орудий. Один из пароходов-брандеров был потоплен, второй, сильно поврежденный, выбросило на прибрежные камни. В последующем японцы предприняли еще две подобные попытки, но каждый раз натыкались на бдительность русской дозорной службы и огонь корабельной артиллерии и береговых батарей.
На следующий день, 25 февраля, отряд из четырех японских крейсеров попытался отрезать от Порт-Артура два русских дозорных миноносца — «Бесстрашный» и «Внушительный», открыв по ним огонь. Первому миноносцу удалось прорваться в базу, второму пришлось искать укрытия в Голубиной бухте. Из-за опасности захвата корабля подошедшими японскими крейсерами командир «Внушительного» принял решение свезти команду на берег, а миноносец затопить. Так неудачно для Тихоокеанской эскадры начались первые дни Русско-японской войны.
Попытка японцев перекрыть выход из внутренней гавани с помощью брандеров совпала с попыткой массового заброса в Порт-Артур шпионов, «работавших» на флотскую разведслужбу. Ротмистр Загоровский, ответственный за обеспечение безопасности в крепости, в телеграмме в Харбин доносил начальнику Заамурского корпуса пограничной стражи генералу Чичагову:
Серьезность положения на Дальнем Востоке, особенно бездеятельность русского флота, заставила российское правительство и императора Николая II подумать о назначении нового командующего флотом Тихого океана. Им стал вице-адмирал С.О. Макаров.
Прибывший в Порт-Артур новый командующий русским флотом на Тихом океане увидел безрадостную картину. Шла война, а корабли Тихоокеанской эскадры в бездействии стояли во внутренней гавани морской крепости. Они не препятствовали неприятельским войскам перевозить снаряжение в Желтом море.